Ensembl

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Ensembl es un proyecto de investigación bioinformática que trata de "desarrollar un sistema de software que produzca y mantenga anotaciones automáticas en los genomas eucariotas seleccionados". Funciona como una colaboración entre el Wellcome Trust Sanger Institute y el Instituto Europeo de Bioinformática, una división del Laboratorio Europeo de Biología Molecular. Toda la información y software generados en el proyecto es de libre uso y acceso.

La mayoría del software producido y utilizado se escribe en el lenguaje de programación Perl, y se basa en las librerías BioPerl. La Application programming interface de Perl puede utilizarse fácilmente en otros proyectos genómicos, por ejemplo en la anotación de genes o listas de clones. También hay disponible una API para Java.

Los genomas anotados incluyen los vertebrados más completos, y organismos modelo seleccionados. Actualmente se incluyen:

  • Cordados
    • Mamíferos: Humano, Ratón, Rata, Chimpancé, Macaco, Perro, Vaca, Elefante, Colicorto (borrador).
    • Aves: Gallina, pavo, pato, diamante mandarín.
    • Peces: Takifugu rubripes (Fugu), Tetradodon nigroviridis, Danio rerio (Pez cebra).
    • Anfibios: Xenopus tropicalis.
    • Ascidias: Ciona intestinalis, Ciona savignyi
  • Invertebrados
    • Insectos: Anopheles gambiae (Mosquito), Abeja, Drosophila melanogaster (Mosca de la fruta).
    • Gusanos: Caenorhabditis elegans.
  • Levaduras: Saccharomyces cerevisiae (Levadura del pan).

Este servicio se utiliza por los biólogos moleculares y bioinformáticos de todo el mundo que trabajan con genomas de las especies listadas. Las predicciones de codificación, control y otros elementos en los genomas pueden compararse con datos de investigaciones primarias y con fuentes primarias de conocimiento genómico actualizado (bases de datos biológicas). La sintenia es de valor educativo en los colegios.

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