Reactivo de Edman

Fenilisotiocianato
General
Otros nombres	Isotiocianatobenceno / Reactivo de Edman / PITC
Fórmula molecular	C7H5NS
Identificadores
Número CAS	103-72-0​
Propiedades físicas
Apariencia	líquido transparente, entre incoloro y amarillo pálido.
Densidad	1130 kg/m³; 1,13 g/cm³
Masa molar	13 519 g/mol
Punto de fusión	−21 °C (252 K)
Punto de ebullición	218 °C (491 K)
Presión de vapor	0,17 mm Hg
Propiedades químicas
Solubilidad en agua	Insoluble
Familia	Aminas primarias
Peligrosidad
SGA
Punto de inflamabilidad	361 K (88 °C)
NFPA 704	2 3 0
Frases R	R23 R24 R25 R34 R42 R43 R63
Frases S	S23 S26 S28 S36 S37 S39 S38 S45
Frases H	H301 H314 H317 H334
Frases P	P261 P272 P280 P303 P304 P305 P310 P338 P340 P351 P353 P361
Riesgos
Piel	Se absorbe muy fácilmente por la piel y las mucosas.
Valores en el SI y en condiciones estándar (25 ℃ y 1 atm), salvo que se indique lo contrario.

La degradación de Edman, desarrollada por Pehr Edman en la década de 1950, es un método de secuenciación de aminoácidos en un péptido.​ En este método se derivatiza y separa el residuo amino-terminal, lo que permite identificar su naturaleza y obtener el siguiente con el grupo amino libre, para continuar con el siguiente ciclo de reacción. Cada residuo es consecutivamente aislado y derivatizado sin afectar a los enlaces peptídicos entre los otros residuos. Para esta secuenciación se requiere el reactivo de Edman, también denominado fenilisotiocianato o PITC.​

Mecanismo

En 1950, Pehr Victor Edman describió un método para poder llevar a cabo la secuenciación de péptidos por medio del uso de fenilisotiocianato (PITC por sus siglas en inglés).​ El reactivo de Edman (fenilisotiocianato o PITC) reacciona con el aminoácido del extremo N-terminal de un polipéptido en condiciones alcalinas para la formación de feniltricarbamilo (PITC), el producto obtenido se trata con TFA lo cual corta el residuo N-terminal y genera un derivado de tiazolinona ,se utiliza un solvente orgánico para convertir la tiazolinona-aminoácido al derivado de feniltiohidantoina (PTH) para después ser identificado por métodos cromatográficos. El método de secuenciación por degradación de Edman es utilizado en péptidos de 10 a 50 residuos de aminoácidos. Sin embargo, si se utiliza para la secuenciación de proteínas mayores a 50 residuos de aminoácidos, la degradación ya no es eficaz por lo que la proteína se debe de fraccionar en segmentos más pequeños para que se pueda llevar a cabo.

La reacción química de Edman es un proceso cíclico que consta de tres pasos.

• El reactivo de Edman o fenilisotiocianato (PITC) se acopla al grupo amino N-terminal libre.
• El residuo N-terminal se corta mediante el uso de ácido, dejando intacta el resto de la cadena peptídica con un nuevo extremo N-terminal susceptible de iniciar un segundo ciclo.
• El derivado aminoacídico (anilinotiazolinona) formado a partir del aminoácido cortado es inestable y por ello, se introduce en medio ácido para convertirse en el derivado PTH (feniltiohidantoina) estable. El resto de la cadena polipeptídica se somete a nuevos ciclos de degradación de Edman para obtener la secuencia de aminoácidos del resto de la proteína.​

Actualmente, el análisis de cada uno de los aminoácidos separados del péptido inicial puede realizarse mediante cromatografías HPLC/MS​ (cromatografía líquida de alta resolución acoplada a la espectrometría de masas) de fase inversa por hidrofobicidad (se comparan los tiempos de retención de los diferentes aminoácidos cortados con una muestra patrón), por espectrometría de masas MALDI-TOF, o por análisis de aminoácidos.​

Reacción de degradación de aminoácidos mediante el uso del reactivo de Edman

No es posible secuenciar péptidos cuyo extremo N-terminal se encuentre bloqueado (grupo amino acetilado, formilado, etc). Alrededor del 50% de las proteínas tienen el extremo amino bloqueado, bien por naturaleza o por su preparación, en tampones con sustancias susceptibles de reaccionar con este: (cianato, ácido acrílico, acetilo, aldehído...). Otra limitación de la degradación de Edman es que el rendimiento no es del 100% y por tanto cuando ya se llevan hechos muchos ciclos (más de 50 aminoácidos analizados) se obtienen errores.

Referencias

• Datos: Q118612678