Ribonucleasa D
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 Estructura de la proteína RNasa D. | ||||
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| Identificadores externos |
Bases de datos de enzimas
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| Número EC | 3.1.13.5 | |||
| Propiedades | pI: 6.2[1] | |||
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La ribonucleasa D o RNasa D es una de las siete exorribonucleasas identificadas en E. coli. Se trata de una exorribonucleasa 3'-5' de la cual se ha demostrado que se encuentra involucrada en el procesamiento ribonuclelítico 3' del precursor del ARNt.[2] A pesar de que la ribonucleasa D aparenta desempeñar un papel menor en esta tarea y no es necesaria para la viabilidad de un procesamiento adecuado del ARNt, es capaz de soportar este procesamiento en ausencia de otras exonucleasas (RNasa II, RNasa BN, RNasa T y RNasa PH).[3][4][5][6][7]
Actividad in vitro
In vitro la RNasa D escinde al ARNt en forma no progresiva desde el extremo 3' para liberar mononucleótidos y ARNt activo. La escisión del ARNt se ralentiza en la secuencia de nucleótidos CCA, permitiendo la aminoacilación del ARNt que previene una degradación adicional.[8]
La actividad de la RNasa D es muy dependiente de la estructura del extremo 3' del ARNt diana, actuando mucho más rápidamente sobre moléculas de ARNt alteradas que sobre las formas nativas. La enzima no presenta actividad frente a ARNt que se encuentra fosforilado en su extremo 3'.[9][10]
Actividad in vivo
Cuando la RNasa D se sobreexpresa in vivo, llega a escindir los extremos 3' de los ARNt superando incluso la región CCA, provocando un daño en el ARNt que no puede ser reparado por la ARNt nucleotidiltransferasa.[11] La sobreexpresión de la RNasa D provoca tasas de crecimiento disminuidas en los organismos afectados.[12]
La traducción de la RNasa D depende de una estructura tallo-bucle seguida de ocho uridinas ubicada corriente arriba de la secuencia Shine-Dalgarno.[13][14]
Homólogos estructurales
La RNasa D posee homólogos en muchos otros organismos. Cuando una parte de otra proteína de mayor tamaño posee un dominio que es muy similar a la RNasa, se dice que esta posee un dominio RNasa D.
Referencias
- ↑ Cudny H, Zaniewski R, Deutscher MP (1981). «Escherichia coli RNase D. Purification and structural characterization of a putative processing nuclease». J Biol Chem 256 (11): 5627-32. PMID 6263885.
- ↑ Zuo et al.; Wang, Y; Malhotra, A (2005). «Crystal structure of Escherichia coli RNase D, an exoribonuclease involved in structured RNA processing». Structure 13 (7): 973-84. PMID 16004870. doi:10.1016/j.str.2005.04.015.
- ↑ Reuven NB, Deutscher MP (1993). «Multiple exoribonucleases are required for the 3' processing of Escherichia coli tRNA precursors in vivo». FASEB J 7 (1): 143-8. PMID 8422961.
- ↑ Kelly KO, Deutscher MP (1992). «The presence of only one of five exoribonucleases is sufficient to support the growth of Escherichia coli». J Bacteriol 174 (20): 6682-4. PMID 1400219.
- ↑ Zaniewski R, Petkaitis E, Deutscher MP (1984). «A multiple mutant of Escherichia coli lacking the exoribonucleases RNase II, RNase D, and RNase BN». J Biol Chem 259 (19): 11651-3. PMID 6207170.
- ↑ Deutscher MP (1990). «Ribonucleases active at 3' terminus of transfer RNA». Methods Enzymol 181: 421-33. PMID 2166215.
- ↑ Li Z, Deutscher MP (1994). «The role of individual exoribonucleases in processing at the 3' end of Escherichia coli tRNA precursors». J Biol Chem 269 (8): 6064-71. PMID 7509797.
- ↑ Cudny H, Deutscher MP (1980). «Apparent involvement of ribonuclease D in the 3' processing of tRNA precursors». Proc Natl Acad Sci U S A 77 (2): 837-41. PMID 6153805.
- ↑ Ghosh RK, Deutscher MP (1978). «Identification of an Escherichia coli nuclease acting on structurally altered transfer RNA molecules». J Biol Chem 253 (4): 997-1000. PMID 342522.
- ↑ Cudny H, Zaniewski R, Deutscher MP (1981). «Escherichia coli RNase D. Catalytic properties and substrate specificity». J Biol Chem 256 (11): 5633-7. PMID 6263886.
- ↑ Zhang JR, Deutscher MP (1988). «Transfer RNA is a substrate for RNase D in vivo». J Biol Chem 263 (34): 17909-12. PMID 3056931.
- ↑ Zhang JR, Deutscher MP (1988). «Cloning, characterization, and effects of overexpression of the Escherichia coli rnd gene encoding RNase D». J Bacteriol 170 (2): 522-7. PMID 2828310.
- ↑ Zhang JR, Deutscher MP (1989). «Analysis of the upstream region of the Escherichia coli rnd gene encoding RNase D. Evidence for translational regulation of a putative tRNA processing enzyme». J Biol Chem (30): 18228-33. PMID 2681190. Parámetro desconocido
|voume=ignorado (ayuda) - ↑ Zhang J, Deutscher MP (1992). «A uridine-rich sequence required for translation of prokaryotic mRNA». Proc Natl Acad Sci U S A 89 (7): 2605-9. PMID 1372983.