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La batalla de Guayaquil se desarrolló el 24 de septiembre de 1860 y tuvo lugar en los alrededores de la ciudad de Guayaquil en la República del Ecuador. Fue la última batalla de una serie de enfrentamientos bélicos que sostuvieron las fuerzas de Gabriel García Moreno, apoyado por Juan José Flores, en contra del inconstitucional gobierno de Guillermo Franco, reconocido por el presidente peruano Ramón Castilla.
En 1857, el gobierno ecuatoriano encabezado por Francisco Robles celebró un convenio con sus acreedores británicos adjudicándoles en pago territorios de Quijos y Canelos, que Perú reconocia como suyos, de acuerdo a la Real Cédula de 1802 y el tratado Larrea - Gual firmado con la Gran Colombia. Tras varios intercambios de notas la situación se puso tensa y se llegó al rompimiento de relaciones diplomáticas. Esto, sumado a otros asuntos internos, hacen que el presidente Francisco Robles renuncie a su cargo el 1 de mayo de 1859, dejando inestabilidad política en el país, con lo cual se crean varias Jefaturas Supremas. En medio de la crisis interna, las fuerzas navales peruanas bloquean el Golfo de Guayaquil y varios otros puntos en el Ecuador. Gabriel García Moreno toma el liderazgo desde Quito, mientras que Guillermo Franco Herrera asume el poder desde Guayaquil.
El presidente peruano Ramón Castilla intenta conferenciar con García Moreno, sin éxito. Tras el bloqueo naval peruano y la ocupación de Guayaquil el 7 de enero de 1860, el presidente Castilla dialoga con Guillermo Franco Herrera, autoproclamado Jefe Supremo del Guayas, a quien luego reconoce como presidente del Ecuador y firma el Tratado de Mapasingue el 25 de enero de 1860, en el cual se reconocía como peruanos los territorios dados en pago a los británicos, por lo que todas las tropas expedicionarias peruanas regresaron al Callao el 19 de febrero de 1860, dejando a las fuerzas de Franco tres mil fusiles de aguja, uniformes y zapatos.
Acusando de traidor a Franco, García Moreno preparó al ejército y obtuvo ayuda de su anterior enemigo, el general Juan José Flores, y estalló una guerra interna en el Ecuador. Tras varios enfrentamientos bélicos, las fuerzas de García Moreno logran acordonar a las tropas de Franco en Guayaquil, dándose la batalla final en dicha ciudad.
En la batalla, la victoria fue obtenida por el ejército de García Moreno, con lo cual la nación ecuatoriana volvió a la paz y en la posteridad el Tratado de Mapasingue quedaría anulado por el Congreso Nacional del Ecuador en 1861 y por el Congreso de la República del Perú más tarde en el año de 1863 bajo el gobierno del presidente Miguel de San Román.