Rosaceae conforma una familia heterogénea. Aunque Rosoideae y Pyroideae son clados bien consistentes, poco se puede decir todavía de los amplios patrones relacionales del resto de la familia. La tipificación por las características de la frutas no es un gran indicador de las relaciones como por largo tiempo se pensaba. Pero otros rasgos, como la química, los cromosomas, y los fungi, son todos elementos de soporte de las realineaciones moleculares.
Aunque Rosaceae (como se describe arriba) se ha mantenido muy bien reunida a pesar de su heterogenea constitución, algunos géneros han abandonado la familia.
Chrysobalanaceae, a menudo asociado con Rosaceae en el pasado, es parte de un clado distinto dentro de Malpighiales.
Quillaja, inesperadamente es un clado monotípico aislado dentro de Fabales.
Guamatela, recientemente (2006) se halla como correspondiente a un clado aislado en Crossosomatales.
