Variante ómicron del SARS-CoV-2
Ómicron Omicron B.1.1.529 | ||
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Parte de las variantes del SARS-CoV-2 | ||
Agente patógeno | ||
Patógeno | SARS-CoV-2 | |
Tipo de patógeno | Virus | |
Enfermedad causada | COVID-19 | |
Datos históricos | ||
Inicio | Noviembre de 2021 | |
Lugar de inicio | Sudáfrica | |
Nivel del contagio | Brote epidémico | |
Lugares afectados | 8 territorios | |
La variante Omicron, también conocida por el identificador de linaje PANGO B.1.1.529, el identificador de clado GISAID GR/484A y el identificador de clado Nextstrain 21K,[1] es una variante del SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19. El primer caso conocido se detectó en Botsuana, el 9 de noviembre de 2021,[2] a partir de una muestra recogida bajo los auspicios de la Red para la Vigilancia Genómica en Sudáfrica.[3] El 26 de noviembre de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) lo designó como una variante de preocupación y lo nombró después de la letra griega omicron.
La variante tiene un número inusualmente grande de mutaciones, varias de las cuales son novedosas, y varias de las cuales afectan a la proteína espiga utilizada para la mayoría de las vacunas dirigidas en el momento de su descubrimiento. Este nivel de variación ha llevado a preocupaciones con respecto a la transmisibilidad, la evasión del sistema inmunológico y la resistencia a las vacunas. Como resultado, la variante fue rápidamente designada como «preocupante», y varios países introdujeron restricciones de viaje para limitar o ralentizar su propagación internacional.
Clasificación
Nomenclatura
El 26 de noviembre, el Grupo Asesor Técnico de la OMS sobre la evolución del Virus SARS-CoV-2 declaró que el linaje PANGO B.1.1.529 era una variante de preocupación y lo designó con la letra griega Omicron.[4][5] La OMS omitió Nu y Xi, las siguientes letras en el alfabeto griego, para evitar confusiones con la palabra inglesa "new" y el apellido chino común Xi.[6] La Organización Mundial de la Salud reserva la designación Omicron para "variantes de preocupación".[6]
El proyecto GISAID le ha asignado el identificador de clado GR/484A y el proyecto Nextstrain le ha asignado el identificador de clado 21K.[1]
Mutaciones
La variante tiene una gran cantidad de mutaciones, algunas de las cuales son preocupantes.[7] Treinta y dos mutaciones afectan a la proteína espiga, el principal objetivo antigénico de los anticuerpos generados por infecciones y de muchas vacunas administradas ampliamente. Muchas de esas mutaciones no se habían observado en otras cepas.[8][9] La variante se caracteriza por 30 cambios de aminoácidos, tres pequeñas deleciones y una pequeña inserción en la proteína espiga en comparación con el virus original, de los cuales 15 están ubicados en el dominio de unión al receptor (residuos 319-541). También lleva una serie de cambios y deleciones en otras regiones genómicas. Es de destacar que la variante tiene tres mutaciones en el sitio de división de la furina.[10] El sitio de escisión de la furina aumenta la infectividad del SARS-CoV-2.[11] Las mutaciones por región genómica son las siguientes:[12]
- Proteína espiga: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
- ORF1ab:
- nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
- nsp4: T492I
- nsp5: P132H
- nsp6: Δ105-107, A189V
- nsp12: P323L
- nsp14: I42V
- Proteína de la envoltura: T9I
- Proteína de membrana: D3G, Q19E, A63T
- Proteína nucleocápside:P13L, Δ31-33, R203K, G204R
Historia
Una persona positiva viajó a Hong Kong proveniente de Sudáfrica[13]. Se identificó un caso confirmado en Israel de un viajero que regresaba de Malaui,[14] junto con dos que regresaron de Sudáfrica y uno de Madagascar. Se detectó otro caso en Bélgica de una joven que viajó a Egipto (donde aparentemente adquirió la infección) e hizo escala en Turquía.[15][16]
Varios países aplican o analizan aplicar restricciones de viaje a los países de África austral.
Varios investigadores afirman que la vacuna de Vacuna de Pfizer-BioNTech contra la COVID-19 protege contra la variante Ómicron[17][18].
Síntomas
No se han asociado síntomas inusuales con la variante y, al igual que con otras variantes, algunos individuos son asintomáticos.[19]
Estadísticas
Datos del rasterador de variantes.
Territorios | Confirmados | Fecha de detección | Referencia | |
---|---|---|---|---|
1. | Sudáfrica | 99 | 17/11/2021 | [21] |
2. | Botsuana | 17 | 09/11/2021 | [21] |
3. | Alemania | 2 | 27/11/2021 | [22] |
4. | Hong Kong | 2 | 18/11/2021 | [21] |
5. | Reino Unido | 2 | 27/11/2021 | [23] |
6. | Bélgica | 1 | 22/11/2021 | [21] |
7. | Israel | 1 | 23/11/2021 | [21] |
8. | Italia | 1 | 27/11/2021 | [24] |
- | Total de Casos Confirmados a Nivel Global | 125 | - | - |
Territorio | Casos Sospechosos | |
---|---|---|
1. | Países Bajos | 61 |
2. | Sudáfrica | 37 |
3. | Botsuana | 11 |
5. | Israel | 7 |
4. | Reino Unido | 6 |
6. | Dinamarca | 2 |
7. | Alemania | 1 |
8. | República Checa | 1 |
- | Total de Casos Sospechosos a Nivel Global | 126 |
Paises Nuevos en Negrita
Medidas
- Se han vetado los vuelos desde Sudáfrica, Namibia, Lesoto, Esuatini, Zambia, Zimbabue, Botsuana, Mozambique y Tanzania. También se irán incluyendo todos los países de África según se vayan detectando un caso o más de esta variante, además de a su lista roja de destinos de viaje.
- Además exigen pauta de vacunación completa y PCR negativa de todos los países que se hayan detectado casos de Ómicron (linaje B.1.1.529)
Referencias
- ↑ a b «Tracking SARS-CoV-2 variants». www.who.int (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «US to Restrict Flights Over New Heavily Mutated Omicron COVID-19 Variant - November 26, 2021». Daily News Brief (en inglés estadounidense). 26 de noviembre de 2021. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ Scheepers, Cathrine. «The hunt for coronavirus variants: how the new one was found and what we know so far». The Conversation (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ Parekh, Marcus (26 de noviembre de 2021). «Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears». The Telegraph (en inglés británico). ISSN 0307-1235. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern». www.who.int (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ a b «What's Omicron? Here's what we know and don't know about the new COVID variant that's roiling markets and air travel». Fortune (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ Hurst, Luke (25 de noviembre de 2021). «Omicron: The new COVID variant with 32 mutations causing concern». euronews (en inglés). Consultado el 28 de noviembre de 2021.
- ↑ Cookson, Clive (26 de noviembre de 2021). «What we know about Omicron variant that has sparked global alarm». Financial Times. Consultado el 28 de noviembre de 2021.
- ↑ Cookson, Clive (26 de noviembre de 2021). «What we know about Omicron variant that has sparked global alarm». Financial Times. Consultado el 28 de noviembre de 2021.
- ↑ Zimmer, Carl (26 de noviembre de 2021). «New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work». The New York Times (en inglés estadounidense). ISSN 0362-4331. Consultado el 28 de noviembre de 2021.
- ↑ Zhang, Liping; Mann, Matthew; Syed, Zulfeqhar A.; Reynolds, Hayley M.; Tian, E.; Samara, Nadine L.; Zeldin, Darryl C.; Tabak, Lawrence A. et al. (23 de noviembre de 2021). «Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike is modulated by O -glycosylation». Proceedings of the National Academy of Sciences (en inglés) 118 (47): e2109905118. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.2109905118. Consultado el 28 de noviembre de 2021.
- ↑ Public Health England. (21 de noviembre de 2021). «SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 29» (PDF).
- ↑ CNN, Christina Maxouris. «What we know about the Omicron variant». CNN. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «Israel detecta un caso de la nueva variante de covid descubierta en Sudáfrica». France 24. 26 de noviembre de 2021. Consultado el 26 de noviembre de 2021.
- ↑ «Site verification». www.europapress.es. Consultado el 26 de noviembre de 2021.
- ↑ Reuters (26 de noviembre de 2021). «Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe». Reuters (en inglés). Consultado el 26 de noviembre de 2021.
- ↑ Zimmer, Carl (26 de noviembre de 2021). «New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work». The New York Times (en inglés estadounidense). ISSN 0362-4331. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «Covid: New variant classed 'of concern' and named Omicron». BBC News (en inglés británico). 27 de noviembre de 2021. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «Frequently asked questions for the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa». NICD (en inglés estadounidense). 26 de noviembre de 2021. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «United Kingdom, Germany and Italy identify cases of the Ômicron variant; Czech Republic has suspected case». Play Crazy Game (en inglés estadounidense). 27 de noviembre de 2021. Consultado el 28 de noviembre de 2021.
- ↑ a b c d e «GISAID - hCov19 Variants». www.gisaid.org. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ Press, Europa (27 de noviembre de 2021). «Alemania confirma dos casos de la variante ómicron». www.europapress.es. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ de 2021, 27 de Noviembre. «Reino Unido confirmó dos casos de la variante Ómicron del coronavirus». infobae. Consultado el 27 de noviembre de 2021.
- ↑ «Italia detecta un caso "atribuible" a la variante "ómicron"». www.efe.com. Consultado el 27 de noviembre de 2021.