Variante ómicron del SARS-CoV-2

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Ómicron
Omicron
B.1.1.529
Parte de las variantes del SARS-CoV-2
Coronavirus. SARS-CoV-2.png
Agente patógeno
Patógeno SARS-CoV-2
Tipo de patógeno Virus
Enfermedad causada COVID-19
Datos históricos
Inicio del contagio Noviembre de 2021
Lugar de inicio

Bandera de Botsuana Botsuana

Bandera de Sudáfrica Sudáfrica
Nivel del contagio Brote epidémico
Lugares afectados 8 territorios
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La variante Omicron, también conocida por el identificador de linaje PANGO B.1.1.529, el identificador de clado GISAID GR/484A y el identificador de clado Nextstrain 21K,[1]​ es una variante del SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19. El primer caso conocido se detectó en Botsuana, el 9 de noviembre de 2021,[2]​ a partir de una muestra recogida bajo los auspicios de la Red para la Vigilancia Genómica en Sudáfrica.[3]​ El 26 de noviembre de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) lo designó como una variante de preocupación y lo nombró después de la letra griega omicron.

La variante tiene un número inusualmente grande de mutaciones, varias de las cuales son novedosas, y varias de las cuales afectan a la proteína espiga utilizada para la mayoría de las vacunas dirigidas en el momento de su descubrimiento. Este nivel de variación ha llevado a preocupaciones con respecto a la transmisibilidad, la evasión del sistema inmunológico y la resistencia a las vacunas. Como resultado, la variante fue rápidamente designada como «preocupante», y varios países introdujeron restricciones de viaje para limitar o ralentizar su propagación internacional.

Clasificación

Nomenclatura

El 26 de noviembre, el Grupo Asesor Técnico de la OMS sobre la evolución del Virus SARS-CoV-2 declaró que el linaje PANGO B.1.1.529 era una variante de preocupación y lo designó con la letra griega Omicron.[4][5]​ La OMS omitió Nu y Xi, las siguientes letras en el alfabeto griego, para evitar confusiones con la palabra inglesa "new" y el apellido chino común Xi.[6]​ La Organización Mundial de la Salud reserva la designación Omicron para "variantes de preocupación".[6]

El proyecto GISAID le ha asignado el identificador de clado GR/484A y el proyecto Nextstrain le ha asignado el identificador de clado 21K.[1]

Mutaciones

SARS-CoV-2 Variant B-1-1-529 Omicron lineage mutations.png

La variante tiene una gran cantidad de mutaciones, algunas de las cuales son preocupantes.[7]​ Treinta y dos mutaciones afectan a la proteína espiga, el principal objetivo antigénico de los anticuerpos generados por infecciones y de muchas vacunas administradas ampliamente. Muchas de esas mutaciones no se habían observado en otras cepas.[8][9]​ La variante se caracteriza por 30 cambios de aminoácidos, tres pequeñas deleciones y una pequeña inserción en la proteína espiga en comparación con el virus original, de los cuales 15 están ubicados en el dominio de unión al receptor (residuos 319-541). También lleva una serie de cambios y deleciones en otras regiones genómicas. Es de destacar que la variante tiene tres mutaciones en el sitio de división de la furina.[10]​ El sitio de escisión de la furina aumenta la infectividad del SARS-CoV-2.[11]​ Las mutaciones por región genómica son las siguientes:[12]

  • Proteína espiga: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
  • ORF1ab:
    • nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
    • nsp4: T492I
    • nsp5: P132H
    • nsp6: Δ105-107, A189V
    • nsp12: P323L
    • nsp14: I42V
  • Proteína de la envoltura: T9I
  • Proteína de membrana: D3G, Q19E, A63T
  • Proteína nucleocápside:P13L, Δ31-33, R203K, G204R

Historia

Una persona positiva viajó a Hong Kong proveniente de Sudáfrica[13]​. Se identificó un caso confirmado en Israel de un viajero que regresaba de Malaui,[14]​ junto con dos que regresaron de Sudáfrica y uno de Madagascar. Se detectó otro caso en Bélgica de una joven que viajó a Egipto (donde aparentemente adquirió la infección) e hizo escala en Turquía.[15][16]

Varios países aplican o analizan aplicar restricciones de viaje a los países de África austral.

Varios investigadores afirman que la vacuna de Vacuna de Pfizer-BioNTech contra la COVID-19 protege contra la variante Ómicron[17][18]​.

Síntomas

No se han asociado síntomas inusuales con la variante y, al igual que con otras variantes, algunos individuos son asintomáticos.[19]

Estadísticas

Datos del rasterador de variantes.

Casos registrados a noviembre de 2021 (UTC)[20]
Territorios Confirmados Fecha de detección Referencia
1. Bandera de Sudáfrica Sudáfrica 99 17/11/2021 [21]
2. Bandera de Botsuana Botsuana 17 09/11/2021 [21]
3. AlemaniaFlag of Germany.svg Alemania 2 27/11/2021 [22]
4. Bandera de Hong Kong Hong Kong 2 18/11/2021 [21]
5. Bandera de Reino Unido Reino Unido 2 27/11/2021 [23]
6. Bandera de Bélgica Bélgica 1 22/11/2021 [21]
7. Bandera de Israel Israel 1 23/11/2021 [21]
8. ItaliaFlag of Italy.svg Italia 1 27/11/2021 [24]
- Bandera de las Naciones Unidas Total de Casos Confirmados a Nivel Global 125 - -
Casos Sospechosos al 27 de Noviembre (UTC)
Territorio Casos Sospechosos
1. Países BajosFlag of the Netherlands.svg Países Bajos 61
2. Bandera de Sudáfrica Sudáfrica 37
3. BotsuanaBandera de Botsuana Botsuana 11
5. IsraelBandera de Israel Israel 7
4. Reino UnidoBandera de Reino Unido Reino Unido 6
6. DinamarcaBandera de Dinamarca Dinamarca 2
7. AlemaniaFlag of Germany.svg Alemania 1
8. República ChecaFlag of the Czech Republic.svg República Checa 1
- Bandera de las Naciones Unidas Total de Casos Sospechosos a Nivel Global 126

Paises Nuevos en Negrita

Medidas

  • Se han vetado los vuelos desde Sudáfrica, Namibia, Lesoto, Esuatini, Zambia, Zimbabue, Botsuana, Mozambique y Tanzania. También se irán incluyendo todos los países de África según se vayan detectando un caso o más de esta variante, además de a su lista roja de destinos de viaje.
  • Además exigen pauta de vacunación completa y PCR negativa de todos los países que se hayan detectado casos de Ómicron (linaje B.1.1.529)

Referencias

  1. a b «Tracking SARS-CoV-2 variants». www.who.int (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  2. «US to Restrict Flights Over New Heavily Mutated Omicron COVID-19 Variant - November 26, 2021». Daily News Brief (en inglés estadounidense). 26 de noviembre de 2021. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  3. Scheepers, Cathrine. «The hunt for coronavirus variants: how the new one was found and what we know so far». The Conversation (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  4. Parekh, Marcus (26 de noviembre de 2021). «Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears». The Telegraph (en inglés británico). ISSN 0307-1235. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  5. «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern». www.who.int (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  6. a b «What's Omicron? Here's what we know and don't know about the new COVID variant that's roiling markets and air travel». Fortune (en inglés). Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  7. Hurst, Luke (25 de noviembre de 2021). «Omicron: The new COVID variant with 32 mutations causing concern». euronews (en inglés). Consultado el 28 de noviembre de 2021. 
  8. Cookson, Clive (26 de noviembre de 2021). «What we know about Omicron variant that has sparked global alarm». Financial Times. Consultado el 28 de noviembre de 2021. 
  9. Cookson, Clive (26 de noviembre de 2021). «What we know about Omicron variant that has sparked global alarm». Financial Times. Consultado el 28 de noviembre de 2021. 
  10. Zimmer, Carl (26 de noviembre de 2021). «New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work». The New York Times (en inglés estadounidense). ISSN 0362-4331. Consultado el 28 de noviembre de 2021. 
  11. Zhang, Liping; Mann, Matthew; Syed, Zulfeqhar A.; Reynolds, Hayley M.; Tian, E.; Samara, Nadine L.; Zeldin, Darryl C.; Tabak, Lawrence A. et al. (23 de noviembre de 2021). «Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike is modulated by O -glycosylation». Proceedings of the National Academy of Sciences (en inglés) 118 (47): e2109905118. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.2109905118. Consultado el 28 de noviembre de 2021. 
  12. Public Health England. (21 de noviembre de 2021). «SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 29» (PDF). 
  13. CNN, Christina Maxouris. «What we know about the Omicron variant». CNN. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  14. «Israel detecta un caso de la nueva variante de covid descubierta en Sudáfrica». France 24. 26 de noviembre de 2021. Consultado el 26 de noviembre de 2021. 
  15. «Site verification». www.europapress.es. Consultado el 26 de noviembre de 2021. 
  16. Reuters (26 de noviembre de 2021). «Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe». Reuters (en inglés). Consultado el 26 de noviembre de 2021. 
  17. Zimmer, Carl (26 de noviembre de 2021). «New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work». The New York Times (en inglés estadounidense). ISSN 0362-4331. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  18. «Covid: New variant classed 'of concern' and named Omicron». BBC News (en inglés británico). 27 de noviembre de 2021. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  19. «Frequently asked questions for the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa». NICD (en inglés estadounidense). 26 de noviembre de 2021. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  20. «United Kingdom, Germany and Italy identify cases of the Ômicron variant; Czech Republic has suspected case». Play Crazy Game (en inglés estadounidense). 27 de noviembre de 2021. Consultado el 28 de noviembre de 2021. 
  21. a b c d e «GISAID - hCov19 Variants». www.gisaid.org. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  22. Press, Europa (27 de noviembre de 2021). «Alemania confirma dos casos de la variante ómicron». www.europapress.es. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  23. de 2021, 27 de Noviembre. «Reino Unido confirmó dos casos de la variante Ómicron del coronavirus». infobae. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 
  24. «Italia detecta un caso "atribuible" a la variante "ómicron"». www.efe.com. Consultado el 27 de noviembre de 2021. 

Véase también