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El formato tenía las mismas bases que el anterior, pero esta vez la competencia se concentraba en 16 aspirantes a cantantes. Con esta nueva dirección, el premio ahora consistía en un contrato con el sello Warner Music Chile S.A. para el lanzamiento de un álbum del ganador, además de la posibilidad de presentarse en el Festival de Viña del Mar 2004.
Los 16 participantes fueron elegidos de la reducida masa de 30 aspirantes que fueron semi-finalistas tras los cástines masivos. El miércoles 4 de junio de 2003 ingresaron a la remodelada casa-estudio, la misma que había sido usada en la versión anterior pero adaptada con elementos que ayudarían a los participantes en su entrenamiento como cantantes y músicos.
El formato seguía un esquema establecido. Los jueves eran informadas las "Pruebas de Talento" que tenían diversos temas semana a semana. El día viernes las pruebas eran llevadas a cabo y eran evaluadas por un grupo de jurados establecido y cada semana se contaba con algunos jurados invitados; de su evaluación se desprendían los 3 puntajes más bajos y un puntaje más alto, el más bajo resultaba ser el "Amenazado por Talento" y tenía el 50% de posibilidades de abandonar la competencia, mientras que el más alto era "Protegido por Talento", dejándolo inmune en las instancias del "Cara a Cara"
Los sábados se llevaban a cabo los "Cara a Cara", en los cuales cada protagonista debía amenazar a otro en términos de convivencia. Todos podían ser amenazados, excepto el ya "Amenazado por Talento" y el "Protegido por Talento". Quien al final de la votación tuviera la mayor cantidad de votos era el "Amenazado por Convivencia".
Teniendo a los dos amenazados, el por Talento y por Convivencia, era el público quién debía decidir a través de la votación telefónica quién debía abandonar la casa estudio.
Los lunes se realizaba un "Duelo" musical entre ambos amenazados, dándole al público la instancia de observar las capacidades de ambos.
Finalmente, los miércoles era la noche de eliminación, donde ambos amenazados debían enfrentar la decisión del público.
Al ingresar a la casa estudio, los 16 protagonistas notan que sólo hay 14 camas y comienzan a especular sobre una posible eliminación inmediata. Luego de celebrar el ingreso, Sergio Lagos informa a los protagonistas que 2 de ellos no dormirán en la casa-estudio esa noche. Cada protagonista debió votar por quién creían debía salir. Así fue como Ximena y Sebastián fueron los "primeros eliminados" del programa.
Tras ser eliminados, Sergio Lagos les explica a Ximena y Sebastián que tienen la posibilidad de volver a la casa y desafiar a uno de sus compañeros en un duelo musical y enfrentarse a la decisión del público. Al reingresar, Ximena desafía a Lindy, mientras que Sebastián desafía a Diego. Los 4 protagonistas preparan su duelo y Lindy y Diego son eliminados por el público!
Las dos últimas Pruebas de Talento son realizadas en Viña del Mar, en un recinto abierto con público en vivo.
Tras ocho eliminaciones se abre el repechaje, donde 2 de esos 6 eliminados, un hombre y una mujer, tendrán la posibilidad de reingresar a la casa-estudio por votación popular. Los elegidos son Ximena y Diego.
Si bien Protagonistas de la música superó a Operación triunfo y obtuvo más rating promedio que su antecesora, no tuvo el éxito mediático que alcanzó Protagonistas de la fama. En las tres últimas semanas las Pruebas de Talento fueron realizadas como conciertos en la ciudad de Viña del Mar, animados por Sergio Lagos y la cantante Myriam Hernández.
El 7 de septiembre se dieron los resultados del ganador del concurso, entre los cuatro finalistas. La votación del público tuvo los siguientes resultados.
Ximena Abarca, la ganadora absoluta del programa, firmó contrato con una disquera para producir su primer disco y para participar como invitada en el Festival Internacional de la Canción de Viña del Mar. Si bien su disco no tuvo mucho éxito, es la única que se ha mantenido vigente en televisión, participando en diversos programas y en algunas telenovelas, como EsCool. El resto de los participantes tuvo una fugaz participación en programas y sus discos tuvieron bajas ventas.
Tras Protagonistas de la música, Canal 13 no continuó con este formato televisivo, aunque continuó con reality shows, como La granja y La Casa.