La Temporada 2006 del Campeonato de España de Fórmula 3 es la sexta edición de este campeonato. Esta edición contó con 13 escuderías, una de ellas invitada de las cuales salió ganadora por sexta y última vez consecutiva Racing Engineering ya que para la temporada siguiente decidiría no participar. El ganador de esta edición fue el argentino Ricardo Risatti. Subcampeón quedó Roldán Rodríguez y el tercero Máximo Cortés. El ganador de la clase Copa fue Germán Sánchez Flor. La novedad introducida es que por primera vez se corre en un circuito fuera de la península ibérica.
Los pilotos que participan en la Clase Copa corren con el monoplaza Dallara F300 y también puntúan para el Campeonato de España, mientras que los otros pilotos corren con un Dallara F305.
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Cheste
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Magny-Cours
San Sebastián de los Reyes
Estoril
Albacete
Jerez
Montmeló
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