Plantilla:Ficha de proteína

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Ficha de proteína
Identificadores
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Proteína

Uso

Glucosa fosfato isomerasa


Estructuras disponibles
PDB Búsqueda en Ortholog: PDBeRCSB
Identificadores
Símbolos GPI (HUGO: 4458); AMF; NLK; PGI; PHI; GNPI; SA-36
Identificadores externos OMIM172400 MGI95797 HomoloGene145 GeneCardsGen GPI KEGG2821
Número EC 5.3.1.9
Locus Cr. 19 q13.1
Patrones de expresión RNA
PBB GE GPI 208308 s at tn.png
Mayor información
Estructura/Función proteica
Tamaño 558 (aminoácidos)
Tipo de proteína Isomerasa
Información adicional
Ruta(s) Glucólisis, Gluconeogénesis, Ruta de las pentosas fosfato, Metabolismo de almidón y sacarosa
Datos enzimáticos
Actividad catalítica Isomerización de Glc-6P a Fru-6P
Datos biotecnológicos/médicos
Enfermedades Anemia hemolítica, por deficiencia de GPI
Ortología
Especies Humano Ratón
Entrez 2821 14751
Ensembl Véase HS Véase MM
UniProt P06744 P06745
RefSeq (mRNA) NM_000175 NM_008155
RefSeq (proteína) NCBI NP_000166 NP_032181
Ubicación (UCSC) Chr 19:
34.85 – 34.89 Mb
Chr 7:
34.2 – 34.23 Mb
PubMed (búsqueda) [1] [2]
{{Ficha de proteína
|nombre           = 
|nombres          = 
|imagen           = 
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<!-- Datos genéticos -->
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|Cromosoma        = 
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<!-- Estructura/función proteica -->
|Largo_proteína   = 
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|Dominio          = 
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|Productos_alt    = 
<!-- Info adicional -->
|Taxón            = 
|Célula           = 
|Ubicación        = 
|Modificación     = 
|Ruta             = 
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<!-- Datos enzimáticos -->
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<!-- Datos del receptor/ligando -->
|Acción           = 
|Agonista         = 
|Antagonista      = 
<!-- Datos biotecnológicos/médicos -->
|Enfermedad       = 
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<!-- Bases de datos -->
|Accesión         = 
|ECnumber         = 
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|NCBI             =
|KEGG             =
|Orthologs =
<!-- Ortología -->
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|Mm_RefseqmRNA = 
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|Mm_GenLoc_db = mm9
|Mm_GenLoc_chr = 
|Mm_GenLoc_start = 
|Mm_GenLoc_end = 
|Mm_Uniprot = 
<!-- Info relacionada -->
|Artículo         = 
|Publicación      = 
}}

Parámetros

Generales

  • nombre: En este campo se debe especificar el nombre completo de la proteína. Lo ideal es que proceda de alguna autoridad en nomenclatura como por ejemplo la HGNC. No olvide que hay un campo específico para el símbolo más adelante.
  • nombres: otros nombres que suele recibir la proteína.
  • imagen: Este campo especifica un archivo de imagen que muestra una vista bidimensional de la estructura tridimensional, típicamente creado a partir de un archivo PDB.
  • fuente_imagen: Si el campo anterior se especifica, entonces opcionalmente debe utilizarse este parámetro para señalar el origen de la imagen, como por ejemplo: Fuente: [[Protein Data Bank]].
  • imagen_tamaño: elige el tamaño de la imagen (hay un tamaño predeterminado).
  • imagen_pie: descripción de la imagen o foto, que no es lo mismo que fuente_imagen.
  • HGNCid: el número entregado a la proteína en HUGO.
  • MGIid: Este campo lista el identificador único disponible en el sitio Mouse Genome Informatics.
  • Símbolo: es el símbolo de la proteína. Usualmente en mayúsculas.
  • Símbolo_alt: símbolos alternativos que han sido usados para hablar de la proteína en cuestión.

Datos genéticos

  • Gen: el gen oficial. En el caso de los humanos, es posible obtenerlo en [www.genenames.org HUGO].
  • Gen_tipo: se seguirá la clasificación obtenida de Entrez para este parámetro [3]
Gen Codificante
Pseudogen
ARNr
ARNt
ARNmisc
ARNsc
ARNsn
ARNsno
Otro
Desconocido
  • Cromosoma: en qué cromosoma se encuentra el gen que codifica la proteína.
  • Brazo: brazo del cromosoma en que se encuentra el gen. Puede ser «p» o «q».
  • Banda: banda en que se encuentra el gen.
  • LocusSupplementaryData.

Estructura/función proteíca

  • Largo_proteína: la cantidad de aminoácidos que componen la proteína.
  • Peso_molecular: el peso molecular de la proteína, en daltons.
  • Estructura: puedes comentar sobre su estructura, o entregar un enlace a alguna base de datos de estructuras.
  • Tipo: el tipo de proteína.
  • Funciones: funcion o funciones de la proteína.
  • Dominio: dominios proteicos que presenta la proteína. Mas información en Dominio proteico.
  • Motivos: motivos proteicos que existen en la proteína. Mas información en en:Structural motif (en inglés).
  • Productos_alt: otros productos que puedan ser generados de la transcripción del gen.

Protein_domain_image

  • Este campo ofrece un enlace hacia una imagen que muestra el dominio estructural de la proteína. (Opcional)

Function

  • Este campo lista las funciones moleculares, que son típicamente extraídos desde Ontología Génica. Esta entrada puede ser llenada utilizando una lista con las plantillas GNF_GO.
Por ejemplo, para anexar dentro del artículo TAS2R38 la Actividad transductora de la señal como función molecular, entonces debe redactarse lo siguiente:
{{GNF_GO|id=GO:0004871 |text = Actividad transductora de la señal}}, lo que entregará lo siguiente: Actividad transductora de la señal

Component

  • En este campo debe ir la función componente del gen, preferentemente extraídos desde Ontología Génica. Esta entrada puede ser llenada utilizando una lista con las plantillas GNF_GO.
Por ejemplo, para anexar dentro del artículo TAS2R38 la Membrana como componente celular, entonces debe redactarse lo siguiente:
{{GNF_GO|id=GO:0016020 |text = Membrana}}, lo que entregará lo siguiente: Membrana

Process

  • En este campo debe figurar la función proceso del gen, preferentemente extraído desde Ontología Génica. Esta entrada puede ser llenada utilizando una lista con las plantillas GNF_GO.
Por ejemplo, para anexar dentro del artículo TAS2R38 la respuesta a estímulos como proceso biológico, entonces debe redactarse lo siguiente:
{{GNF_GO|id=GO:0050896 |text=Respuesta a estímulos}}, lo que entregará lo siguiente: Respuesta a estímulos

Información adicional

  • Taxón: especies, géneros o filas que expresan la proteína.
  • Célula: las células que expresan esta proteína.
  • Ubicación: en qué parte de la célula se encuentra la proteína.
  • Modificación: las modificaciones postraduccionales que sufre la proteína.
  • Prop_biofisqcas: datos físico-químicos sobre la proteína y su función.
  • Ruta: las rutas metabólicas en las que la proteína participa.
  • Interacciones: las interacciones que tiene esta proteína con otras proteínas, organelos, ligandos, etc.

Datos enzimáticos

  • Act_catalítica: la reacción catalizada por la enzima.
  • Cofactores: si la enzima necesita de cofactores, anotarlos acá.
  • Reg_enzimática: regulación enzimática; cómo se regula la enzima.
  • Km: la constante de Michaelis de una proteína. Revisar Cinética de Michaelis-Menten.
  • Vmax: la velocidad máxima de una proteína, predicha por la cinética de Michaelis-Menten.

Datos de receptor/ligando

  • Acción: descripción de la acción del receptor.
  • Agonista: los agonistas del receptor.
  • Antagonista: los antagonistas del receptor.

Datos biotecnológicos/médicos

  • Enfermedad: enfermedades asociadas a la proteína.
  • Fármaco: fármaco relacionado con la proteína.
  • Biotecnología: los usos biotecnológicos que posea la proteína.

Bases de datos

  • Accesión: número de Entrez en la NCBI, para buscar información sobre la proteína.
  • ECnumber: número EC de clasificación de proteínas.
  • ATC_prefix.
  • ATC_suffix.
  • ATC_supplemental.
  • CAS_number.
  • CAS_supplemental.
  • ChEMBL. Este campo muestra el identificador único en la base de datos ChEMBL.
  • DrugBank.
  • EntrezGene: el número dado a la proteína en EntrezGene.
  • IUPHAR. Si en este parámetro se anexa yes, entonces se proporcionará un enlace sobre esta proteína de la entrada disponible en la International Union of Basic and Clinical Pharmacology.
  • OMIM: el código OMIM de la proteína.
  • PDB.
  • Varios_PDB: si hay más de un PDB disponible (usar {{PDB2}}).
  • RefSeq.
  • UniProt.
  • NCBI.
  • KEGG.

Información relacionada

  • Artículo: artículos de Wikipedia, relacionados con la proteína.
  • Publicación: lista de publicaciones recientes acerca de la proteína.

Enzima

Uso

Catalasa

Estructura cuaternaria de la catalasa.
Estructuras enzimáticas (PDB)
RCSB PDB, PDBe, PDBsum
Identificadores
Identificadores externos IntEnz1.11.1.6 BRENDA1.11.1.6 ExPASyNiceZyme view MetaCycvía metabólica PRIAMperfil KEGGenzima:1.11.1.6
Número EC 1.11.1.6
Número CAS 9001-05-2
Ortología
PubMed (búsqueda) [4]
PMC (búsqueda) [5]  
{{Ficha de proteína
| enzima=sí
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| imagen = 
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| CAS_number = 
| GO_code = 
}}

Parámetros

  • enzima: Si deseas utilizar la plantilla para describir una enzima, este campo es obligatorio. Por ejemplo, puedes colocar |enzima = sí, que reconocerá automáticamente algunos campos vinculados específicamente para enzimas.
  • nombre: Nombre aceptado de la clase de enzima. Se recomienda utilizar como fuente una autoridad en Nomenclatura de Enzimas como la International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) (véase en IUBMB).
  • nombres: otros nombres que suele recibir la enzima.
  • imagen: Este campo especifica un archivo de imagen que muestra una vista de la enzima.
  • fuente_imagen: Si el campo anterior se especifica, entonces opcionalmente debe utilizarse este parámetro para señalar el origen de la imagen, como por ejemplo: Fuente: [[Protein Data Bank]].
  • imagen_tamaño: elige el tamaño de la imagen (hay un tamaño predeterminado).
  • imagen_pie: descripción de la imagen o foto, que no es lo mismo que fuente_imagen.
  • EC_number: Número EC de clasificación de proteínas (también se recomienda obtener en IUBMB).
  • CAS_number: Número CAS, identificación numérica única para compuestos químicos, polímeros, secuencias biológicas, preparados y aleaciones.
  • GO_code: El código de Ontología Génica para una reacción enzimática puede obtenerse en la página de GO.

Redirecciones

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