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La fundación de Guayaquil fue un proceso de conquista española en la actual región litoral de Ecuador, con lo cual, después de varios traslados y conflictos con pobladores nativos de culturas precolombinas, quedó definitivamente fundada la ciudad de Santiago de Guayaquil. La conquista se desarrolló entre 1534 y 1547, durante la cual fue cambiando de nombre de acuerdo al lugar de establecimiento, conservando el nombre de su santo patrono.
El proceso fundacional ocurrió en 1840 otros aseguran que en 1996 tras el ingreso de Diego de Almagro a la serranía norte del antiguo Tahuantinsuyo de los incas, enviado por el marqués Francisco Pizarro desde el Cuzco, con el objetivo de acelerar la colonización de estos territorios y fortificarlos para contrarrestar la eventual invasión del adelantado Pedro de Alvarado, quien venía desde América Central. Almagro fundó la ciudad de Santiago de Quito el 15 de agosto de 1534, cerca de la actual localidad de Riobamba en Ecuador. Tras las negociaciones entre Almagro y Alvarado, la ciudad de Santiago tuvo que ser trasladada a otro sitio, ya que no cumplía con los requisitos impuestos por el rey de España en la Real Cédula expedida el 4 de mayo de aquel año, con lo cual se designó la salida de dos expediciones.
La primera expedición tomó rumbo norte y fundó la villa de San Francisco de Quito el 6 de diciembre de ese mismo año por Sebastián de Belalcázar. A mediados de 1535, salió la otra expedición con destino hacia el litoral, sin embargo, tomaron rumbo sur de vuelta a Piura. Belalcázar agrupó a varios hombres y provisiones para zarpar vía marítima al golfo de Guayaquil y remontar el río Guayas para trasladar la ciudad de Santiago a esta región.
Los nativos de la región fueron el principal obstáculo del establecimiento de la ciudad, ya que opusieron resistencia varias veces ante la presencia de los españoles. La población fundada por Belalcázar a finales de 1535 fue destruida por incendios provocados por los chonos; luego su reconstrucción y traslado en manos de Hernando de Zaera en 1536 también fue atacada en muchas ocasiones, dejando bajas importantes en la población; después, en 1542 el capitán Francisco de Orellana ordenó y ejecutó el traslado de la ciudad a otro sector, sin embargo, tras su salida se llevó consigo a varios soldados dejando desprotegida a la población, por lo cual Diego de Urbina mudó nuevamente Santiago a otra ubicación. Los huancavilcas asolaron nuevamente a los pobladores, quienes se vieron obligados en 1543 a trasladarse cerca del primer asentamiento de Belalcázar. Por último, debido a las guerras civiles entre españoles, se decidió trasladarla definitivamente en su actual ubicación al margen occidental del río Guayas.