Domingo de Villaescusa y Ramírez de Arellano, O.S.H. † (2 de diciembre de 1652-2 de julio de 1652 falleció)
Sede vacante (1652-1656)
Lorenzo Horta Rodríguez † (29 de mayo de 1656-13 de agosto de 1659 falleció)
Luís de Cifuentes y Sotomayor, O.P. † (22 de septiembre de 1659-18 de mayo de 1676 falleció)
Sede vacante (1676-1680)
Juan de Escalante Turcios y Mendoza † (29 de abril de 1680-31 de mayo de 1681 falleció)
Juan Cano Sandoval † (7 de diciembre de 1682-20 de febrero de 1695 falleció)
Antonio de Arriaga y Agüero, O.S.A. † (20 de noviembre de 1697-24 de noviembre de 1698 falleció)
Pedro de los Reyes Ríos de la Madrid, O.S.B. † (30 de marzo de 1700-6 de enero de 1714 falleció)
Juan Leandro Gómez de Parada Valdez y Mendoza † (16 de diciembre de 1715-6 de julio de 1729 nombrado obispo de Santiago de Guatemala)
Juan Ignacio de Castorena y Ursúa y Goyeneche † (6 de julio de 1729-13 de julio de 1733 falleció)
Francisco Pablo Matos Coronado † (9 de julio de 1734-2 de enero de 1741 nombrado obispo de Michoacán)
Mateo de Zamora y Penagos, O.F.M. † (6 de marzo de 1741-9 de agosto de 1744 falleció)
Francisco de San Buenaventura Martínez de Tejada y Díez de Velasco, O.F.M. † (23 de agosto de 1745-20 de diciembre de 1751 nombrado obispo de Guadalajara)
Juan José de Eguiara y Eguren † (24 de enero de 1752-6 de julio de 1752 renunció) (vescovo eletto)
Ignacio Padilla Estrada, O.S.A. † (28 de mayo de 1753-20 de julio de 1760 falleció)
Antonio Alcalde y Barriga, O.P. † (25 de enero de 1762-27 de enero de 1772 nombrado obispo de Guadalajara)
Diego Bernardo de Peredo y Navarrete † (22 de junio de 1772-21 de marzo de 1774 falleció)