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El golfo de Guayaquil es la entrante de agua más grande del océano Pacífico en Sudamérica. Sus salientes extremas se fijan en Cabo Blanco en el Perú y la Punta de Santa Elena en Ecuador, cubriendo una distancia de 230 km. Su nombre fue dado por la ciudad de Guayaquil, la cual es la más grande que se sitúa en su región. Su fondo varía desde los 65 metros hacia el sudoeste de la Isla Santa Clara, 95 metros hacia el noroeste de la misma y, 14 y 3 metros frente a Santiago de Guayaquil. Las orillas son bajas y generalmente pantanosas.
En el Golfo de Guayaquil se encuentran varias islas y algunos islotes. Por el lado ecuatoriano se encuentran: La Isla Puná, que los españoles en el siglo XVI, la nombraron como Santiago. es la más grande con 920 km². A 10 km de ella se encuentra la Isla Santa Clara llamada también isla del Muerto o isla del Amortajado. En el Estero Salado, que atraviesa la Ciudad de Guayaquil, se encuentra la famosa Isla Trinitaria, hogar de gente muy pobre, además de las islas Santa Ana, Bellavista y Escalante. En el río Guayas se puede encontrar las islas Sabana Grande y Chica, Chupadores, Verde, Matorrillos, Mondragón, De los Ingleses, Malabrigo, Masa y la Isla Santay ubicada frente a Guayaquil. Por el lado peruano se encuentran las islas Correa, Matapalo y Roncal, entre otras islas.