Fue fundado en el año 1991 en la ciudad de Nara, Nara con el nombre Tonan Club (都南クラブ,Tonan Kurabu?) y pasó a ser miembro de la Asociación de Fútbol de Nara. El club ascendío por primera vez a la primera división en 1997. Adoptó su nombre actual en 2008 y al año siguiente participa por primera vez en las ligas regionales. En 2014 es campeón de la liga regional e ingresa a la Japan Football League en 2015.
El 5 de noviembre de 2022 logra el ascenso a la J3 League por primera vez en su historia luego de vencer al Veertien Mie por 1–0 con gol de Sotaro Yamamoto al minuto 86 poco antes de que finalizara la temporada. El equipo de Nara luego de ocho temporadas consecutivas en la JFL. El 20 de noviembre de 2022 el Nara aseguró el título de la JFL luego de empatar 1–1 ante el Sony Sendai en la última jornada. Un gol diferencia de +10 sobre el FC Osaka determinó el título de liga.
↑«今後のクラブ運営体制について». Nara Club(en japonés). 26 de diciembre de 2019. Consultado el 11-11-2020.
↑«Jリーグ準加盟審査結果について»(en japonés). Japan Professional Football League. 17 de septiembre de 2013. Archivado desde el original el 20 de septiembre de 2013. Consultado el 25 de enero de 2015.