La competencia de la temporada 2016 Liga Santafesina de Fútbol se divide en dos categorías (Fútbol masculino), División "A" y División "B", siendo esta última la división de ascenso. La División "A" contará con 19 equipos participantes y la División "B" con 18 equipos.
El campeonato de la División "A" cuenta con dos torneos, uno realizado en la primera mitad del año (Torneo Apertura) y otro realizado en la segunda mitad del año (Torneo Clausura). Cada torneo se jugará en el formato de todos contra todos en una sola rueda de enfrentamientos (19 fechas) y en el siguiente torneo se alternan las localías del torneo anterior.
Al finalizar el Torneo Clausura (en el mes de diciembre), los peores dos ubicados en la Tabla de Promedios de la División "A" descenderán a la División "B" y deberán jugar la temporada 2017 en esa categoría. Así mismo, los dos mejores equipos de la División "B" ascenderán a la primera división.
El campeón del Torneo Apertura y el campeón del Torneo Clausura se enfrentarán entre sí con en el sistema de ida y vuelta
para determinar cual será el equipo que represente a la Liga Santafesina de Fútbol en la Copa Santa Fe. También se otorgarán 3 cupos para participar del Torneo Federal C 2017, estos cupos se determinarán por la tabla acumulada de los dos torneos disputados en el año, los 3 primeros tendrán el derecho de participar. En caso de que alguno de estos rechace el cupo el mismo será otorgado al próximo mejor equipo ubicado en la tabla generala acumulada.
El campeonato de la División "A" cuenta con dos torneos, uno realizado en la primera mitad del año (Torneo Apertura) y otro realizado en la segunda mitad del año (Torneo Clausura).