PROSITE

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PROSITE es una base de datos de familias y dominios de proteínas creada por Amos Bairoch en 1988.[1] [2] Consiste en entradas que describen dominios, familias y sitios funcionales así como patrones de aminoácidos. Estos son manualmente verificados por un equipo del Instituto Suizo de Bioinformática e integrado con la base de datos de Swiss-Prot.

Sus usos incluyen la identificación de posibles funciones de las proteínas recientemente descubiertas y el análisis de aquellas ya conocidas pero con actividades previamente desconocidas. PROSITE ofrece herramientas para el análisis de secuencias de proteínas y detección de motivos de proteínas; es parte de los servidores de análisis de proteómica de ExPASy.

La base de datos ProRule se basa en las descripciones de dominio de PROSITE.[3] Esta proporciona información adicional acerca de funcionalidades o de aminoácidos estructuralmente críticos. Las reglas contienen información sobre los residuos biológicamente significativos, como sitios activos, sitios de unión a sustrato o cofactores, modificaciones postraduccionales o enlaces disulfuro, para ayudar a determinar la función. Estas pueden automáticamente generar anotaciones basados en los motivos de PROSITE.

Referencias[editar]

  1. De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). «ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins». Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue):  pp. W362–365. doi:10.1093/nar/gkl124. PMID 16845026. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/34/suppl_2/W362. 
  2. Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). «The 20 years of PROSITE». Nucleic Acids Res. 36:  pp. D245. doi:10.1093/nar/gkm977. PMID 18003654. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/gkm977v1. 
  3. Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). «ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles». Bioinformatics. 21(21):  pp. 4060–4066. doi:10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/21/21/4060. 

Enlaces externos[editar]

  • PROSITE — sitio oficial
  • ProRule — base de datos de reglas basadas en los predictores de PROSITE