La temporada 1999-2000 de la Copa Heineken fue la 5ª edición de la máxima competición continental del rugby europeo. En esta edición fueron 24 los equipos participantes, divididos por primera vez en 6 grupos de 4, para afrontar la primera fase de la competición, la fase de grupos. Tras las 6 jornadas correspondientes a esta primera fase, los primeros de cada grupo y los 2 mejores segundos se clasificaron para disputar los cuartos de final, a partidos único, las semifinales y la final.
En esta 5ª edición del torneo participaron 6 equipos franceses, 5 galeses, 3 irlandeses, 2 italianos, 2 escoceses, de nuevo hubo presencia de equipos ingleses tras su ausencia en la temporada 1998/99. Fueron 6 los equipos ingleses participantes este año.
Los 6 equipos que acabaron primeros de grupo se clasificaron para cuartos de final, además de los 2 equipos que acabaron en segunda posición con más puntos. Los equipos que jugaron como locales fueron los que más puntos consiguieron, o en caso de empate se aplicó el criterio de ensayos a favor o diferencia entre puntos anotados y encajados. En las semifinales se aplicó el mismo criterio para decidir qué equipo jugaba como local. La final se disputó el 27 de mayo del año 2000 en el Twickenham Stadium en Londres ante 68.441 espectadores. Northampton Saints se coronó como quinto Campeón de Europa.
Northampton Saints
Munster
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
