La segunda ronda estuvo formada por los mejores 28 equipos de la CAF según el ranking, unidos a los 12 ganadores de la primera ronda. Estos equipos fueron distribuidos en diez grupos de cuatro equipos, en el Sorteo Preliminar de la Copa del Mundo en la Marina da Glória en Río de Janeiro, Brasil el 30 de julio de 2011.[1]
Los partidos se jugaron del 1 de junio de 2012 al 10 de septiembre de 2013. Los ganadores de cada grupo se clasificaron para la tercera ronda.