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Período del clero secular

El período del clero secular (1807-1820), comienza al darse cumplimiento a la Real Cédula del año 1800, por la que el Rey Carlos IV creaba la “Real Universidad de San Carlos y de Nuestra Señora de Monserrat” sobre la base de los antiguos institutos, disponiendo se entregaran a la regencia del Clero Secular de esta ciudad. En esta época se producen las importantes reformas a los planes de estudio propuestos por Deán Funes, entonces Rector de la Universidad y Colegio, por el Gobernador de Córdoba Don Manuel Antonio de Castro.

Aplicación de la real cédula

Durante el año 1778, la Corona dispuso la separación de la orden franciscana de sus respectivas labores provisionales hasta el momento. Y en 1800 es expedida una Real Cédula por el Rey Carlos IV, concluyendo lo siguiente “(que se) erija y funde de nuevo en dicha ciudad de Córdoba del Tucumán, y en edificio que fue del Colegio Máximo Jesuítico de ella, una Universidad Mayor con los privilegios y prerrogativas que gozan los de esta clase en España e Indias, con el título de “Real Universidad de San Carlos y de Nuestra Señora del Monserrat”. Luego de acaloradas disputas entre los partidarios de los franciscanos y los del clero secular, el 29 de noviembre de 1807 el virrey Liniers logra que se ejecute de una vez por todas la Cédula Real mediante el apoyo de los dos hermanos Funes  (Gregorio y Ambrosio).

Deán Funes como rector y su cacería de esclavos

Dámaso de Uriburu, en sus Memorias, afirma que el rector Deán Gregorio Funes sería uno de los protagonistas claves de este escenario al reformar usos y costumbres “donde dominaba una severidad monacal propia del medio y de aquellos tiempos”, haciendo que se atendiera al “aseo y porte exterior de los colegiales y suprimiendo los castigos corporales por cualquier falta de disciplina”. Abolidos los azotes, solo serían aplicables en casos de faltas graves. Los jóvenes, tratados con dignidad y respeto, corresponderían con “conducta arreglada y decente”. En horas de esparcimiento podían disfrutar de la música y practicar esgrima (Dámaso de Uriburu, “Memorias”).​

Reformas en el Plan de Estudios

Las preocupaciones prioritarias del Rector Funes se referían a la reforma de los planes educativos vigentes, de manera que fueran adecuados para la época corriente. Luego de un intercambio de informes con el virrey Liniers y el Obispo de Orellana, el claustro universitario le encarga el 27 de noviembre de 1808, la reforma del método de estudio. En sus informes presentados al virrey, prioriza la enseñanza de los idiomas (gramática castellana y francesa, griego y latín) y  resuelve crear una cátedra de aritmética, geometría y álgebra, costeada por él mismo. Por último, introduce el estudio de la lengua francesa, la geografía y la historia.

Debido a los contratiempos que sufría Deán Funes con su participación política tanto en la Revolución de Mayo, como diputado cordobés en la Junta Grande y su posterior condición de preso político, la presentación del nuevo plan se retrasó hasta 1813, para ponerse en vigencia en 1815.

Lo primero ya no era el latín, de difícil enseñanza debido a la escasez de métodos y gramáticas completas, sino la gramática castellana; y de forma irregular se enseñaban el griego, árabe y hebreo. Con ella, se iniciaba la carrera universitaria, incluyendo las bellas artes, la retórica y la poesía. Aprobando Gramática, se pasaba a la Facultad de Artes o Filosofía, integrada por el “trívium” (gramática, lógica y retórica) y por el “quadrivium” (aritmética, geometría, astronomía y música). Aprobados los exámenes de estas dos asignaturas, se concedía el grado de bachiller o licenciado. Y aprobado el quadrivium, se pasaba al doctorado en alguna de sus ramas: “teología” o “jurisprudencia”, o en “ambos derechos” como se decía.

La cacería de Esclavos

Cuando el Deán Funes asume el rectorado del Colegio Máximo y del Convictorio de Monserrat, se encuentra con el panorama desolador que lo rodeaba. La pésima administración de la orden franciscana dejó a ambas instituciones en la ruina misma. La universidad ya no entregaba grados académicos como antes, y la continuidad del Convictorio pendía de un hilo (se valía de la protección real y se había perdido su histórico edificio). Inclusive la estancia de Caroya se veía afectada, puesto que sus productos no alcanzaban para sostener al alumnado. Las finanzas franciscanas convirtieron a la anterior gloria jesuita, en una sombra de sí misma.

Ante esta desalentadora situación, el rector lleva a cabo una idea extraña con el objetivo de obtener recursos. En el caso del Monserrat, confeccionó una lista compuesta por veintidós nombres de esclavos fugitivos que pertenecían por derecho al Convictorio, y con la ayuda de un tal “Rodríguez”, empezó la tan poco conocida Cacería de Esclavos. Estableció que los fugitivos encontrados podrían ser vendidos o incluso intercambiados por bienes ganaderos, y por si fuera poco, trazó razones por las cuales no quería que fueran devueltos al Convictorio: arguyó que contaminarían al resto con las ideas de libertad y rebeldía.​

“El Señor Doctor Don Gregorio Funes, Deán de esta Santa Iglesia Catedral, Provisor y Vicario General, Rector de este Real Colegio de San Carlos de Monserrat, y Don Hipólito Rodríguez, vecino del Río Segundo de esta jurisdicción, a quienes certifico doy fe conozco y dijeron que tenían estipulado lo siguiente: Primeramente que el expresado Rodríguez se obliga a buscar, solicitar, perseguir y prender con auxilio de los jueces reales a los esclavos fugitivos de este Real Colegio de San Carlos de Monserrat que se hallan prófugos por Buenos Aires y Montevideo (...) y el señor Rector del expresado Colegio asimismo se obliga a satisfacer al referido Rodríguez la cantidad de 50 pesos por cada uno de los esclavos que aprendiese y asegurase (...) y porque es conocido el grave perjuicio que resulta a dicha casa en que los referidos esclavos sean conducidos a ella, pues a más de no haber cómo asegurarlos pervierten a los demás e inducen a otros a que se profuguen con ellos mismos, le da facultad para que (...) los venda en cualquier parte que encontrase comprador recibiendo por uno u otro alguna parte o el precio si fuere necesario en algunas haciendas de las que necesita la Estancia de Caroya, como son caballos, potros, yeguas, mulas y bueyes..."

La cacería se extendió hasta Buenos Aires y Montevideo, siendo solamente capturados nueve de los veintidós esclavos detallados. La lista habría sido confeccionada por un procurador que Deán Funes contrató para localizar a los fugitivos. En la misma, se describe a los hombres por su color de piel, estatura, peso, marcas en la cara, oficio y estado civil; y se aclaran los lugares donde sería posible encontrarlos y capturarlos posteriormente a manos de Rodríguez.​

Período universitario

En 1907 el Colegio fue transferido de la órbita nacional a la administración de la Universidad Nacional de Córdoba, a la que pertenece hasta hoy.

Entre los principales sucesos de este período se destaca una rebelión de estudiantes sucedida en la segunda década del siglo XX. El 14 de mayo de 1912, los alumnos del Colegio Nacional de Monserrat elevan una solicitud al Consejo Universitario de la Universidad Nacional de Córdoba pidiendo la implementación de mesas examinadoras complementarias en julio. Como el Colegio había sido ya anexado a la Universidad de Córdoba, lo que los estudiantes no podían dirigirse al Consejo sino por intermedio del rector del Monserrat, quien a su vez no daba explicaciones de su negativa a elevar el pedido.​

El 13 de junio de ese año vuelven los estudiantes a elevar otra nota solicitando las mesas examinadoras, pero el clima en el Colegio empieza a enrarecerse a la par por la prolongación de quince días para cerrar el primer trimestre. Se producen desórdenes y suspenden a alumnos por arrojar bombas de ácido valeriano, y se declara totalmente en huelga.

En el transcurso del tiempo se fueron dando diferentes hechos, como pintadas en los muros y sanciones a los jóvenes de buenas calificaciones, todo lo cual va a empujar al movimiento estudiantil a la huelga el 24 de junio de 1912.

Los estudiantes que participaron de la toma del Convictorio, luego pasarían a la Universidad; muchos estarían finalizando su carrera universitaria y terminarían siendo los protagonistas de un hito reconocido mundialmente: la Reforma Universitaria de 1918. ​

Como figuras destacadas en la configuración de los ideales de la Reforma Universitaria, están Juan Filloy (escritor), Arturo Orgaz (abogado) y Arturo Capdevila (juez, abogado e historiador); los dos últimos fueron mentores del Manifiesto Liminar. Todos tenían en común el Monserrat como su origen y la huelga de 1912.

El primer antecedente de rebelión de los estudiantes había ocurrido ocho años después de que los jesuitas fueran expulsados, con un motín que los estudiantes organizaron para reclamar y protestar por todas las crueldades que vivían en el Colegio, tales como hacerlos pasar hambre y recibir castigos que llevaban al daño físico; tomaron el Convictorio y se auto proclamaron "Los Caballeros del Rey", mientras que apodaron “Nerón” al Rector.