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La historia de Comoras se remonta a cuando fueron pobladas desde la segunda mitad del primer milenio, las diferentes islas del archipiélago de Comores tuvieron una historia muy anexa, aunque no totalmente común. Fue Francia, quien las convirtió en parte de su imperio colonial, quien las unió administrativamente. La historia de las islas se separó nuevamente en 1975, después de que en un referéndum Mayotte optase por quedarse bajo gobierno francés y el resto de islas integrase la República Federal Islámica de Comoras .
Los primeros trazos de población datan del siglo VI y se trata probablemente de bantúes, provenientes de la costa africana. Estos primeros habitantes crearon en la isla una organización política y social propiamente africana. Entre los siglos VII y XII se cree que una ola de pueblos austronesianos, que contribuyeron al poblamiento de la isla de Madagascar, pasó por la isla, pero no se estableció. Inicialmente, los pueblos eran regidos por los jefes de las familias más importantes. Éstos portaban el título de mafé, mfaume o mafani en Anjouan y Mohéli (Mfalume en kiunguja).
El islam hizo aparición en las islas en el siglo XI, como atestiguan las sepulturas de rito musulmán descubiertas en Mayotte en la necrópolis funeraria de Bagamoyo. Arribó sobre todo de la mano de mercaderes de paso que llegaban provenientes de Medio Oriente, de la ciudad de Shiraz, quienes constituyeron las primeras comunidades musulmanas del archipiélago. Estas dinastías shirazies, originarías de la costa suajili fundaron en efecto los primeros sultanatos, unificando bajo su autoridad las comunidades lugareñas, entonces comandadas por mafés, (Anjouan, Mohéli y Mayotte) y un bedja (Gran Comora). Fue con su contacto que las élites comoresas fueron progresivamente islamizándose. Se cree que ya en el siglo XII toda la aristrocracia comoresa estaba totalmente islamizada .
La mas antigua mezquita del archipiélago se sitúa en Anjouan, sobre el sitio de la antigua Sima y dataría del siglo XII. El Islam practicado a esta fecha estaba muy influenciado por el chiismo y se rescata particularmente su eco en la presencia de sepulturas en el eje del mihrab de numerosas mezquitas antiguas (culto del santo fundador). El islam sunita chafita no se impuso en el sudoeste del Océano índico hasta a partir del siglo XIV. Sima se convirtió en la capital del sultanato shirazi de Anjouan. Fue en esta época que se construyó la mezquita shirazi, sus ruinas son todavía visibles hoy. Domoni fue sede de otra mezquita shirazi a fin del siglo XV. Una inscripción presente en la mezquita del Vendredi de Moroni fecha su construcción en 1427, mientras que en Mbeni, una inscripción fecha la mezquita del Vendredi en 1470.