Base de datos de movimientos moleculares

La Database of Macromolecular Motions (traducción aproximada: Base de datos de Movimientos Macromoleculares) (molmovdb (en)) es un bioinformatics base de datos que intenta categorizar movimientos macromoleculares, a veces también conocidos como cambio de la conformación de la macromolécula.​​

Descripción

Fue originalmente desarrollado por Mark Bender Gerstein, Werner Krebs, y Nat Echols en el Departamento de Bioquímica & de Biofísica Molecular en Yale Universidad. Los usuarios pueden buscar la base de datos para un movimiento particular por cualquier nombre de proteína o Banco de Dato de la Proteína ID número. Sin embargo, generalmente los usuarios introducirán la base de datos a través del Banco de Dato de la Proteína, el cual a menudo proporciona un hiperenlace de entrada para las proteínas encontradas en ambas bases de datos.

La base de datos incluye una herramienta basada en la red (el servidor de Morfo), la cuál le permite a los principiantes animar y visualizar ciertos tipos de cambios de conformación de las proteínas a través de breves vídeos. Este sistema utiliza técnicas de modelización molecular para interpolate los cambios estructurales entre dos conformadores diferentes de proteínas y para generar un conjunto de estructuras intermedias. Un hiperenlace que señala a los resultados de mutación es entonces enviado al mail del usuario.​

El Servidor de Morfo era originalmente principalmente una herramienta de búsqueda más que herramienta de animación molecular general, y así ofrecido usuario limitado sólo control sobre rendering, parámetros de animación, color, y punto de vista, y los métodos originales a veces requirieron una cantidad justa de CPU tiempo a conclusión.​ Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y servidor de morfo asociado han experimentado desarrollo para probar para dirigir algunos de estos shortcomings así como añade características nuevas, como Análisis de Modo Normal.​​ Otras tierras de búsqueda posteriormente han desarrollado sistemas alternativos, como MovieMaker (en) Archivado el 24 de enero de 2016 en Wayback Machine. de la Universidad de Alberta.​

Comercialización

Bioinformatics Vendedor DNASTAR tiene incorporó morfos de la base de datos a su comercial Protean3D producto.​​ La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si cualquiera, no es inmediatamente claro.

Enlaces externos

• The Database of Macromolecular Motions (molmovdb) (en)
• Capítulo de libro encima Movimientos de Proteína de sitio web de RH Austin en Princeton Universidad (en)
  
• Frauenfelder H (20 de abril de 1989). «New looks at protein motions». Nature 338 (6217): 623-4. doi:10.1038/338623a0.  Frauenfelder H (20 de abril de 1989). «New looks at protein motions». Nature 338 (6217): 623-4. doi:10.1038/338623a0.  (6217): 623@–4. doi:10.1038/338623un0.
• Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105.  Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105. 
• Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2.  Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2. 
• Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). «MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility». Nucleic Acids Res. 31 (1): 478-82. PMC 165551. PMID 12520056. doi:10.1093/nar/gkg104.  Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). «MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility». Nucleic Acids Res. 31 (1): 478-82. PMC 165551. PMID 12520056. doi:10.1093/nar/gkg104. 
• Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). «Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic». Proteins 48 (4): 682-95. PMID 12211036. doi:10.1002/prot.10168.  Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). «Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic». Proteins 48 (4): 682-95. PMID 12211036. doi:10.1002/prot.10168. 

Referencias

• Datos: Q5227408