Base de datos de movimientos moleculares

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La Database of Macromolecular Motions (traducción aproximada: Base de datos de Movimientos Macromoleculares) (molmovdb (en)) es un bioinformatics base de datos que intentos a categorize movimientos macromoleculares, a veces también sabidos como conformational cambio.[1][2]

Descripción[editar]

Sea original desarrollado por Mark Bender Gerstein, Werner Krebs, y Nat Echols en el Departamento de Bioquímica & de Biofísica Molecular en Yale Universidad. Los usuarios pueden buscar la base de datos para un movimiento particular por cualquier nombre de proteína o Banco de Dato de la Proteína ID número. Típicamente los usuarios introducirán la base de datos vía el Banco de Dato de la Proteína, el cual a menudo proporciona un hiperenlace al entrada para las proteínas encontradas en ambas bases de datos.

La base de datos incluye una web-herramienta basada (el servidor de Morfo) cuál deja no-expertos para animar y visualizar tipos seguros de proteína conformational cambio a través de la generación de películas cortas. Este sistema utiliza técnicas de modelización molecular a interpolate los cambios estructurales entre dos proteína diferente conformers y para generar un conjunto de estructuras intermedias. Un hiperenlace que señala a los resultados de morfo es entonces emailed al usuario.[3]

El Servidor de Morfo era originalmente principalmente una herramienta de búsqueda más que herramienta de animación molecular general, y así ofrecido usuario limitado sólo control sobre rendering, parámetros de animación, color, y punto de vista, y los métodos originales a veces requirieron una cantidad justa de CPU tiempo a conclusión.[4]​ Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y servidor de morfo asociado han experimentado desarrollo para probar para dirigir algunos de estos shortcomings así como añade características nuevas, como Análisis de Modo Normal.[5][6]​ Otras tierras de búsqueda posteriormente han desarrollado sistemas alternativos, como MovieMaker (en) de la Universidad de Alberta.[4]

Comercialización[editar]

Bioinformatics Vendedor DNASTAR tiene incorporó morfos de la base de datos a su comercial Protean3D producto.[7][8]​ La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si cualquiera, no es inmediatamente claro.

Enlaces externos[editar]

Referencias[editar]

  1. «Hot Picks». Science (en inglés) 284 (5416): 871-871. 7 de mayo de 1999. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.284.5416.871b. 
  2. Gerstein M, Krebs W (September 1998). «A database of macromolecular motions». Nucleic Acids Res. 26 (18): 4280-90. PMC 147832. PMID 9722650. doi:10.1093/nar/26.18.4280. 
  3. Krebs WG, Gerstein M (April 2000). «SURVEY AND SUMMARY: The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework». Nucleic Acids Res. 28 (8): 1665-75. PMC 102811. PMID 10734184. doi:10.1093/nar/28.8.1665. 
  4. a b Maiti R, Van Domselaar GH, Wishart DS (July 2005). «MovieMaker: a web server for rapid rendering of protein motions and interactions». Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue): W358-62. PMC 1160245. PMID 15980488. doi:10.1093/nar/gki485. 
  5. Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2. 
  6. Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105. 
  7. «https://www.dnastar.com/protean3d_help/index.html#!Documents/themotionlibrary.htm». www.dnastar.com. Consultado el 13 de noviembre de 2015. 
  8. «https://www.dnastar.com/protean3d_help/index.html#!Documents/protean3doverview.htm». www.dnastar.com. Consultado el 13 de noviembre de 2015.