El Girona FC ha tenido, contando al actual, 33 presidentes a lo largo de su historia.
El primer presidente fue Albert de Quintana i de León, que tan solo estuvo 2 años al cargo del club.
El presidente con mayor duración en un mandato en la historia del club fue Benjamí Colomer i Pous, que ostentó el cargo durante 8 años, entre 1959 a 1967.
El ectual presidente del Girona FC es Delfi Geli, desde el 9 de julio de 2015.
Según los estatutos del club, la junta directiva debe estar formada por mínimo de catorce miembros y un máximo de veintiuno. Todos los cargos, incluyendo la presidencia, son honorarios y sin retribución económica. En caso de cese de directivos durante la vigencia del mandato, o para cubrir vacantes, pueden proveerse nuevos miembros, cuyo nombramiento debe ser acordado por la junta directiva, a propuesta del presidente, y posteriormente ratificado en la asamblea general. En caso de cese del presidente durante el mandato, los estatutos establecen que el vicepresidente primero sea su sustituto, y en caso de que sea el conjunto de toda la junta se hará cargo una junta gestora conformada por los responsables de la comisión económica.
Según la legislación española del deporte, todos los directivos tienen que presentar avales económicos por valor del 15 por ciento del presupuesto anual del club. Este hecho, legislado con el ánimo de garantizar la salud económica del club ante una hipotética mala gestión de la directiva, es criticado por buena parte de los socios, que ven un impedimento económico al principio estatutario del club, según el cual cualquier socio tiene derecho a presentar una candidatura a la presidencia.
La actual junta directiva está formada por los siguientes miembros:[1]
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