El Campeonato Provincial de Fútbol de Segunda Categoría de Manabí 2016 es un torneo de fútbol en Ecuador en el cual compiten equipos de la Provincia de Manabí. El torneo es organizado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Manabí (AFNAM) y avalado por la Federación Ecuatoriana de Fútbol. Estaba previsto el desarrollo del torneo entre el 17 de abril y el 17 de julio de 2016, participando 20 clubes de fútbol, pero debido al terremoto de Ecuador de 2016 el inicio del torneo se aplazó al 14 de mayo de 2016. Además, 8 equipos desistieron de participar, por lo que el torneo se redujo a 12 equipos.
Primera Etapa: Los 12 clubes se dividen en 2 grupos de 6 clubes cada uno, jugarán todos contra todos, los equipos que terminen primero y segundo en cada grupo clasificarán al Cuadrangular final.
Cuadrangular final: El Cuadrangular final se conforma por los primeros y segundos de los grupos anteriores, también con sistema todos contra todos. Los equipos que terminen primero y segundo serán Campeón y Vicecampeón respectivamente, representarán a Manabí en el Zonal Nacional.