El UCI ProTour 2006 fue la segunda edición del sistema UCIProTour, en el cual los equipos de categoría UCI ProTeam (primera categoría) tuvieron garantizada y obligada la participación en todas las carreras con dicha denominación de UCI ProTour.
El preludio del UCI ProTour 2006 estuvo dominado por una disputa entre los organizadores de las Grandes Vueltas y la UCI que puso en duda la participación de las tres Grandes en la competición.[1] El 7 de abril de 2006 se alcanzó finalmente un acuerdo entre ambas partes, garantizando el futuro del ProTour.[2]
A partir de esta edición desaparece del calendario UCI ProTour el Campeonato del Mundo de ciclismo (prueba en ruta) con lo que esa carrera solo fue puntuable en la edición del 2005.