crAss-fago

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CrAss-fago

crAss-fago virión
Taxonomía
Dominio: Duplodnaviria
Clase: Caudoviricetes[1]​
Orden: Crassvirales
Familia: Intestiviridae
Subfamilia: Crudevirinae
Género: Carjivirus
Especie: CrAss-fago
Clasificación de Baltimore
Grupo: I (Virus ADN bicatenario)
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El CrAss-fago es un fago de ensamblaje cruzado (del inglés, CrAssphage, Cross-Assembly phage), es un bacteriófago (virus que infecta exclusivamente a organismos procariotas como las bacterias) descubierto en 2014 mediante análisis computacional de datos científicos de acceso público sobre metagenomas fecales humanos (metagenómica).[2]​ Su genoma circular de ADN tiene un tamaño en torno a 97 kbp y contiene 80 marcos de lectura abierta predichos, y la secuencia se encuentra comúnmente en muestras fecales humanas.[2]​ En el momento del descubrimiento, se predijo que el virus infectaría las bacterias del filo Bacteroidetes que son comunes en el tracto intestinal de muchos animales, incluidos los humanos.[2]​ Desde entonces, el bacteriófago ha sido aislado in vitro y se ha confirmado que infecta a las Bacteroides intestinalis (cuyo género, Bacteroides,[3]​ pertenece a dicho filo). Según el análisis de datos metagenómicos, se han identificado secuencias de crAss-fago en aproximadamente la mitad de todos los humanos muestreados.[2]​ El virus recibió el nombre del software crAss (cross-assembly)[4]​[5]​ que se utilizó para encontrar el genoma viral. El crAss-fago es posiblemente el primer organismo que lleva el nombre de un programa de ordenador con fines promocionales.

Si bien el crAss-fago no tenía parientes conocidos cuando fue descubierto en 2014, se descubrió una variedad de virus relacionados en 2017.[1]​ En base a la pantalla de secuencias relacionadas en bases de datos públicas de nucleótidos y análisis filogenético, se concluyó que el crAss-fago podría ser parte de una familia de bacteriófagos en expansión (la familia Intestiviridae, de la clase Caudoviricetes) que se encuentra en una variedad de entornos que incluyen el intestino y las heces humanas, el intestino de las termitas,[1]​[6]​[7]​ los ambientes terrestres y subterráneos, los lagos alcalinos (hipersalinos), y aquellos entornos de lagos con sedimentos marinos, y raíces de plantas.[1]​


No hay indicios de que el crAss-fago esté involucrado en la salud o la enfermedad humana, pero puede superar a las bacterias indicadoras como marcador de la contaminación fecal humana.[8]​[9]​[10]​[11]​ Las bacterias indicadoras son unos tipos de bacterias empleados en la detección y valoración del nivel de contaminación de las aguas, no entrañan riesgo alguno para la salud humana pero al igual que este virus, sirven para indicar la presencia de un riesgo para la salud.

Referencias[editar]

  1. ↑ a b c d Natalia Yutin; Kira S. Makarova; Ayal B. Gussow; Mart Krupovic; Anca Segall; Robert A. Edwards; Eugene V. Koonin (2017). «Discovery of an expansive bacteriophage family that includes the most abundant viruses from the human gut». Nature Microbiology 3 (1): 38-46. PMC 5736458. PMID 29133882. doi:10.1038/s41564-017-0053-y. ; and Eugene V. Koonin: Behind the paper: The most abundant human-associated virus no longer an orphan, November 13th, 2017
  2. ↑ a b c d Bas E. Dutilh; Noriko Cassman; Katelyn McNair; Savannah E. Sanchez; Genivaldo G. Z. Silva; Lance Boling; Jeremy J. Barr; Daan R. Speth; Victor Seguritan; Ramy K. Aziz; Ben Felts; Elizabeth A. Dinsdale; John L. Mokili; Robert A. Edwards (2014). «A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes». Nature Communications 5: 4498. Bibcode:2014NatCo...5.4498D. PMC 4111155. PMID 25058116. doi:10.1038/ncomms5498. 
  3. ↑ «ΦCrAss001 represents the most abundant bacteriophage family in the human gut and infects Bacteroides intestinalis». Nature Communications 9 (1): 4781. 2018. Bibcode:2018NatCo...9.4781S. PMC 6235969. PMID 30429469. doi:10.1038/s41467-018-07225-7.  Parámetro desconocido |vauthors= ignorado (ayuda)
  4. ↑ «Cross-Assembly of Metagenomes». Archivado desde el original el 9 de marzo de 2021. Consultado el 13 de abril de 2020. 
  5. ↑ Bas E. Dutilh; Robert Schimeder; Jim Nulton; Ben Felts; Peter Salamon; Robert A. Edwards; John L. Mokili (2012). «Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss». Bioinformatics 28 (24): 3225-3231. PMC 3519457. PMID 23074261. doi:10.1093/bioinformatics/bts613. 
  6. ↑ Tikhe, Chinmay V.; Husseneder, Claudia (2018). «Metavirome Sequencing of the Termite Gut Reveals the Presence of an Unexplored Bacteriophage Community». Frontiers in Microbiology (en inglés) 8: 2548. ISSN 1664-302X. PMC 5759034. PMID 29354098. doi:10.3389/fmicb.2017.02548. 
  7. ↑ Pramono, Ajeng K.; Kuwahara, Hirokazu; Itoh, Takehiko; Toyoda, Atsushi; Yamada, Akinori; Hongoh, Yuichi (2017). «Discovery and Complete Genome Sequence of a Bacteriophage from an Obligate Intracellular Symbiont of a Cellulolytic Protist in the Termite Gut». Microbes and Environments (en inglés) 32 (2): 112-117. ISSN 1342-6311. PMC 5478533. PMID 28321010. doi:10.1264/jsme2.ME16175. 
  8. ↑ Y.Y. LIANG; W. ZHANG; Y.G. TONG; S.P. CHEN (2016). «crAssphage is not associated with diarrhoea and has high genetic diversity». Epidemiology & Infection 144 (16): 3549-3553. PMID 30489235. doi:10.1017/S095026881600176X. 
  9. ↑ Ahmed W; Lobos A; Senkbeil J; Peraud J; Gallard J; Harwood VJ (2017). «Evaluation of the novel crAssphage marker for sewage pollution tracking in storm drain outfalls in Tampa, Florida». Water Research 131: 142-150. PMID 29281808. doi:10.1016/j.watres.2017.12.011. 
  10. ↑ García-Aljaro C; Ballesté E; Muniesa M; Jofre J (2017). «Determination of crAssphage in water samples and applicability for tracking human faecal pollution». Microbial Biotechnology 10 (6): 1775-1780. PMC 5658656. PMID 28925595. doi:10.1111/1751-7915.12841. 
  11. ↑ Stachler E; Kelty C; Sivaganesan M; Li X; Bibby K; Shanks OC (2017). «Quantitative CrAssphage PCR Assays for Human Fecal Pollution Measurement». Environmental Science and Technology 51 (16): 9146-9154. Bibcode:2017EnST...51.9146S. PMID 28700235. doi:10.1021/acs.est.7b02703. 

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