Un joven suizo, Alex Zülle, que venía como gregario de Breukink en el equipo ONCE, sorprendió en el prólogo, alzándose con la victoria con más de medio minuto sobre el resto de participantes. Zülle mantuvo el maillot amarillo durante la primera semana.
Se esperaba que en la quinta jornada, una cronoescalada al Puerto de Navacerrada, el ciclista suizo perdiera el liderato. Sin embargo, Zülle no solo lo mantuvo, sino que ganó la etapa. Solo Rominger parecía poder seguir el ritmo de su joven compatriota. Gran parte de los favoritos, entre ellos Perico Delgado, perdieron más de dos minutos en la contrarreloj.
La alta montaña llegó en la undécima etapa, con final en Cerler. Tony Rominger lanzó el primer envite por el maillot amarillo, aventajó en la meta a Zülle en casi un minuto y se colocaba a solo 18 segundos. El resto de corredores, comenzaban a perderse en la clasificación general, a muchos minutos. Solo Cubino resistía, pero ya a dos minutos. Tras una disputada contrarreloj en Zaragoza, la clasificación general era ya claramente cosa de dos, los suizos Zülle y Rominger. Rominger conseguiría en la etapa siguiente, con final en alto, recuperar el maillot amarillo. En las primeras etapas disputadas en la cordillera Cantábrica, Zülle y Rominger se mantuvieron juntos en todo momento, por lo que no hubo diferencias entre estos. Pero en la última de ellas, con final en el Alto del Naranco, Rominger se hizo con la victoria y con una importante ventaja de casi un minuto sobre Zülle.
La última etapa de la Vuelta era una contrarreloj individual de 44 kilómetros. Alex Zülle perdía poco más de un minuto y estaba dispuesto a recuperarlo. Ganó la etapa con casi un minuto de ventaja sobre Tony Rominger, pero fue insuficiente, y este último consiguió así su segunda Vuelta a España consecutiva. En el podio, les acompañó el bejaranoLaudelino Cubino.