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| Rector | Inicio | Final | |
|---|---|---|---|
| Juan de Cárdenas y Céspedes | 1692 | ||
| Enrique Gamboa | |||
| Manuel Antonio Zárate | |||
| Domingo Montesinos Garzón | |||
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Serapio Calderón | 7 de enero de 1892 | 16 de diciembre de 1896 |
| Eliseo Araujo | 1896 | 1909 | |
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Albert Giesecke | 1910 | 1923 |
| Eufracio Álvarez | 1 de junio de 1923 | 1924 | |
| Cosme Pacheco (interino) | 1924 | 1924 | |
| Eufracio Álvarez | 1925 | 1929 | |
| Efraín Trelle | 1929 | ||
| Fortunado Luciano Herrera y Garmendia | 1929 | 1933 | |
| David Chaparro Pareja | 1939 | 1946 | |
| Alfredo Yépez Miranda | 1946 | 1948 | |
| Rafael Aguilar Paez | 1949 | 1950 | |
| José Gabriel Cosío Medina | 1950 | 1951 | |
| Luis Felipe Paredes Obando | 1951 | 1957 | |
| Sergio Quevedo Aragón | 1957 | 1959 | |
| Luis Enrique Saldívar Romainville | 1959 | 1961 | |
| Jorge Chávez Chaparro | 1961 | 1966 | |
| Juvenal Pezo Benavente | 1966 | ||
| Artemio Olivares Escobar | |||
| Víctor Raúl Aguilar Callo | 2011 | ||
| Germán Zecenarro Madueño | 2011 | 2015 | |
| Nicolás Cáceres Huambo | 12 de noviembre de 2019 | ||
| Jesús Efraín Molleapaza Arispe | 13 de noviembre de 2019 | ||
| Escolástico Ávila Coila | 24/12/2020 | ||
| Elelazar Crucinta Ugarte | 2021 | ||