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StarBase (base de datos biológica)

De Wikipedia, la enciclopedia libre
StarBase
Tipo base de datos biológica
Campo micro ARN, ARN mensajero, long non-coding RNA, ARN no codificante y seudogén
Industria biotecnología
Sitio web starbase.sysu.edu.cn
[editar datos en Wikidata]

StarBase  es una base de datos biológica[1]​ para decodificar Micro ARN - ARN mensajero , Long non-coding RNA,[2]​ Micro ARN - sncRNA , Micro ARN-Circular RNA,  Micro ARN - Pseudogén, proteína-Long non-coding RNA,[3]​  proteína-ARN no codificante, interacciones proteína-ARN mensajero y redes ceRNA  de CLIP-Seq ( HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH)[4]​ y datos de secuenciación degradome.[5]​

Información

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StarBase proporciona herramientas web miRFunction y ceRNAFunction[6]​ para predecir la función de ARN no codificante (Micro ARN,[7]​ Long non-coding RNA, Pseudogén)[8]​ y genes que codifican proteínas de las redes reguladoras de Micro ARN y ceRNA .[4]​ StarBase también desarrolló Pan-Cancer Analysis Platform para descifrar las redes de análisis Pan-Cancer de lncRNA, miRNA, ceRNA y proteínas de unión a ARN (RBP) mediante la extracción de perfiles clínicos y de expresión de 14 tipos de cáncer (incluidas más de seis mil muestras) del Portal de datos del Atlas del genoma del cáncer (TCGA) .[9]​

Véase también

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Referencias

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  1. ↑ Yang, Jian-Hua; Li, Jun-Hao; Shao, Peng; Zhou, Hui; Chen, Yue-Qin; Qu, Liang-Hu (2011-1). «starBase: a database for exploring microRNA–mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data». Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D202-D209. ISSN 0305-1048. PMC 3013664. PMID 21037263. doi:10.1093/nar/gkq1056. Consultado el 31 de mayo de 2021. 
  2. ↑ https://academic.oup.com/nar/article/39/suppl_1/D202/2506133
  3. ↑ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21037263/
  4. ↑ a b «ENCORI: The Encyclopedia of RNA Interactomes.». starbase.sysu.edu.cn. Consultado el 31 de mayo de 2021. 
  5. ↑ http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php
  6. ↑ http://starbase.sysu.edu.cn/mrnaCeRNA.php
  7. ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3964941
  8. ↑ «Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network. starBase: decoding miRNA-target, miRNA-ceRNA and protein-RNA interaction maps from CLIP-Seq(PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH) data». web.archive.org. 15 de marzo de 2014. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2014. Consultado el 31 de mayo de 2021. 
  9. ↑ «starBase: A database for exploring miRNA-mRNA interaction maps from CLIP-Seq and Degradome-Seq data». web.archive.org. 22 de febrero de 2011. Archivado desde el original el 22 de febrero de 2011. Consultado el 31 de mayo de 2021. 
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