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La historia de Guinea Ecuatorial se asienta sobre las raíces de reinos tribales medievales de escasa organización, surgidos por la influencia de estructuras protoestatales más avanzadas que se desarrollaron paralelamente en la zona: el Imperio oyo, el Reino de Dahomey, el Reino de Benín, el Reino de Loango, el Reino del Congo, el reino benga de la isla Mandj (luego llamada Corisco), la organización de los clanes bubi de la isla de Bioko y las villas-estado de los clanes bubi de la isla de Bioko y las villas-estado de los clanes fang de la parte continental.
Existe la posibilidad de que la zona del golfo de Guinea fuera visitada por Hannón el Navegante, un general cartaginés que realizó un viaje bordeando las costas de África hacia finales del siglo VI a. C. o comienzos del siglo V a. C.