Fue fundado en el año 1991 en la capital Tbilisi con el nombre Merani-91 Tbilisi, y desde entonces ha tenido varios cambios de nombre en su historia, los cuales han sido:
1993 - Se fusionó con el Bacho Tbilisi en julio para crear al Merani-Bacho Tbilisi.
1996 - Cambiaron el nombre por el de Lokomotiv Tbilisi y el segundo equipo del Merani-91 Tbilisi pasó a ser el primer equipo.
2003 - Merani pasó a su equipo reserva al principal para jugar en la Regionuli Liga.
2004 - En julio, el nuevo Merani Tbilisi se fusionó con el Milani Tsnori y formaron al Merani-Milani Tbilisi, el cual cambió su nombre por el de Merani Tbilisi en julio de 2005.