Además del boicot electoral estuvo presente los grupos guerrilleros. La elección no se llevó a cabo en tres provincias del sur de Sudán, las que se encontraban tomadas por los rebeldes liderados por el Movimiento de Liberación del Pueblo de Sudán, que se auto marginaron del proceso electoral, y no permitieron la realización normal de los comicios en tres provincias del sur del país, Ecuatoria Occidental, Ecuatoria Central y Ecuatoria Oriental, las que forman parte del Sudán del Sur, que lograría su independencia en 2011, pero que en el 2000 aún pertenecían al régimen sudanés.
Las conversaciones de paz que el gobierno norteamericano intentaba promover en la zona no sirvieron para lograr convencer a los rebeldes que abandonaran su posición para permitir el proceso electoral, por lo que la validez tanto del movimiento como de las elecciones fueron cuestionadas por organismos internacionales, pero la violencia con que actuó la oposición para impedir el libre derecho a sufragio hizo que las comunidad internacional reconociera un nuevo gobierno de Omar al-Bashir
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Datos: Q7633385