Español: Figura 1. Estructura regionalizada y distribución esquemática de los principales tipos de células en el epidídimo de ratón.

(C) Las células principales dominan el soma a lo largo de toda la longitud del epidídimo y son particularmente activas en términos de biosíntesis y secreción de proteínas en los segmentos proximales del epidídimo. En este contexto, una vía de secreción apocrina, que presenta la formación y eventual desprendimiento de grandes estructuras en forma de ampollas del margen apical (es decir, ampollas apicales) de las células principales, parece ser un mecanismo secretor dominante que opera en todos los segmentos del epidídimo. Tras la degradación dentro de la luz del epidídimo, las ampollas apicales liberan una población heterogénea de vesículas extracelulares membranosas, denominadas epididimosomas, que se han implicado en la comunicación intracelular con los espermatozoides y las células epiteliales posteriores.
Aparte de las células principales, las células claras se distribuyen esporádicamente por todo el epitelio de la capa, cuerpo, y segmentos de cauda en la mayoría de las especies estudiadas y son los principales responsables de la absorción selectiva de los componentes luminales y, a la inversa, de la regulación del pH luminal.

Se ha descrito un conjunto de tipos de células adicionales en el epidídimo, que incluyen células basales, células apicales, células halo, células estrechas (solo se encuentran en el segmento inicial y la zona intermedia) y células inmunológicas.