ATAC-seq
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing en inglés) es una técnica epigenómica que sirve para determinar la accesibilidad de la cromatina en un genoma.[1] Requiere un número de células bajo y es más rápida y fácil de aplicar que otras técnicas anteriores como DNase-seq o MNase-seq.[2]
Metodología[editar]
Se carga una transposasa Tn5 hiperactiva con adaptadores para la secuenciación de DNA. Se emplea su actividad transposasa para integrar estos adaptadores en las regiones de la cromatina que sean accesibles, mientras que apenas se modificará las regiones condensadas debido a un impedimento estérico. Tras la inserción, se amplifica por PCR. Finalmente se realiza la secuenciación de los fragmentos. [1]
Aplicaciones[editar]
Se emplea para identificar enhancers, regiones de regulación de genes y secuencias de unión de factores de transcripción, así como determinar cómo responden éstos a distintos estímulos y compararlos entre diferentes tipos celulares o estados de la célula.[2]
Referencias[editar]
- ↑ a b Buenrostro, Jason D; Giresi, Paul G; Zaba, Lisa C; Chang, Howard Y; Greenleaf, William J (2013-12). «Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position». Nature Methods (en inglés) 10 (12): 1213-1218. ISSN 1548-7091. PMC 3959825. PMID 24097267. doi:10.1038/nmeth.2688. Consultado el 31 de enero de 2024.
- ↑ a b Grandi, Fiorella C.; Modi, Hailey; Kampman, Lucas; Corces, M. Ryan (2022-06). «Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq». Nature Protocols (en inglés) 17 (6): 1518-1552. ISSN 1754-2189. PMC 9189070. PMID 35478247. doi:10.1038/s41596-022-00692-9. Consultado el 31 de enero de 2024.