La etapa preliminar —también denominada eliminatorias— se jugó en América del Sur, desde el 16 de mayo de 1965 y finalizó el 22 de agosto de 1965. En las eliminatorias, se jugaron 4 fechas en cada grupo, con partidos de ida y vuelta.
El torneo definió cinco equipos[2] que representaron a la Confederación Sudamericana de Fútbol en la Copa Mundial de Fútbol. Los tres mejor posicionados de cada grupo, se clasificaron directamente al mundial mientras que Brasil, clasifica automáticamente por el derecho de ser el campeón defensor de la Copa Mundial de Fútbol de 1962.