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La electroforesis en gel es un grupo de técnicas empleadas por los científicos para separar moléculas basándose en propiedades como tamaño, forma o punto isoeléctrico. La electroforesis en gel se utiliza generalmente con propósitos analíticos, pero puede ser una técnica preparativa para purificar moléculas parcialmente antes de aplicar una espectroscopía de masas, una PCR, una clonación o una secuenciación de ADN.
La segunda parte del nombre, gel, se refiere a la matriz usada para separar las moléculas. En muchos casos un gel es un polímero entrelazado de porosidad controlable. Cuando la separación es de proteínas, ADN o ácidos nucleicos pequeños (ADN, ARN o ribonucleótidos), el gel está compuesto por diferentes concentraciones de acrilamida y un iniciador de la polimerización, para producir redes de poliacrilamida de diferentes tamaños.