Estonia ha participado en siete ediciones de los Juegos Paralímpicos de Verano, la primera presencia de la delegación estonia en estos Juegos tuvo lugar en Barcelona 1992. El país ha obtenido un total de 19 medallas en las ediciones de verano: 4 de oro, 8 de plata y 7 de bronce.[2]
En los Juegos Paralímpicos de Invierno Estonia ha participado en cuatro ediciones, siendo Albertville 1992 la primera aparición de la delegación estonia en estos Juegos. El país ha obtenido una sola medalla en las ediciones de invierno: bronce en Lillehammer 1994.[2]