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Open Notebook Science

El Open Notebook Science es la práctica de hacer el registro primario completo de un proyecto de investigación disponibles públicamente en línea como está registrado. Esto consiste en colocar el notebook personal, o de laboratorio, del investigador en línea junto con todos los datos crudos y procesados y cualquier material asociado, como se genera este material. El enfoque puede resumirse por el lema "ninguna información privilegiada". Este es el extremo lógico de enfoques transparente a la investigación e incluye explícitamente la puesta a disposición de experimentos inéditos fallidos, menos importantes y de otra índole; llamados "datos oscuros".[1]​ La práctica de la ciencia del cuaderno abierto, aunque no es la norma de la comunidad académica, ha ganado considerable atención en la investigación reciente, [2]​[3]​ general, [1]​[4]​ and peer-reviewed[5]​ y de medios de comunicación revisados como parte de una tendencia general hacia enfoques más abiertos en la práctica de la investigación y publicación. La Ciencia del cuaderno abierto, por tanto, puede ser descrito como parte de un más amplio movimiento de ciencia abierta que incluye la promoción y adopción de la publicación de accesso abierto, datos abiertos, datos de crowdsourcing y ciencia ciudadana. Está inspirado en parte por el éxito del software de codigo abierto [6]​ y se basa en muchas de sus ideas.

Historia

El término abierto La Ciencia del Open Notebook '[7]​ se utilizó por primera vez en un blog post creado por Jean-Claude Bradley, un profesor de química en la Universidad de Drexel. Bradley describió La Ciencia del cuaderno abierto como sigue:


{{hay una URL a un cuaderno de laboratorio que está libremente disponible e indexado en motores de búsqueda comunes. No tiene que necesariamente parecerse a un cuaderno de papel, pero es fundamental que toda la información disponible a los investigadores para hacer sus conclusiones está igualmente disponible para el resto del mundo|Jean-Claude Bradley}}

Profesionales de la ciencia del Open Notebook

Activo Experimental


Teórica

Archivados


Recurrente (educativo)


Parcial/pseudo [8]​ Open Notebooks

Estas son las iniciativas más abiertas que los cuadernos de laboratorio tradicionales, pero carecen de un componente clave en los Open Notebook de ciencia. Normalmente el notebook sólo está parcialmente compartido o compartido con retraso significativo.

  • Protocolpedia permite compartir y almacenamiento de protocolos de laboratorio. También un libre iphone app
  • Sci-Mate permite a los usuarios definir permisos de acceso, pero puede utilizarse como una herramienta de Open Notebook.
  • Vinod Scaria (notebook, needs login)
  • OpenWetWare alberga muchos laboratorios y permite la distribución selectiva de información relacionada con cada grupo de investigación.
  • Caleb Morse (notebook)
  • Gus Rosania (notebook)
  • Antony Garrett Lisi (notebook)
  • Rosie Redfield (research blog), microbiólogo de la Universidad de Columbia Británica; todos los resultados están discutidos pero el Notebook experimental no está expuesto.
  • Martin Johnson (notebook), químico marino en la Universidad de East Anglia. (Selective Content, Immediate Sharing)
  • Greg Lang (notebooks), doc de Post en el laboratorio de David Botstein en la Universidad de Princeton. (All Content, Delayed Sharing) - compartido aproximadamente semanalmente
  • Descubrimiento del "código abierto aplicado a la investigación farmacéutica" (OSDD) en la India CSIR, es un proyecto de detección de drogas de la tuberculosis principalmente computacional pero los datos no parecen ser de fácil acceso.

Beneficios de la ciencia del Open Notebook

El objetivo de la ciencia del Open Notebook es poner el registro completo de la investigación científica a disposición de todos. Esto permite que otros científicos obtenengan descripciones detalladas de los procedimientos, crudos y datos analizados tanto para la comparación con su propio trabajo o construccion de los mismos. Los defensores argumentan que esto puede mejorar la comunicación de la ciencia, aumentar la tasa en el cual la investigación puede progresar y reducir el tiempo perdido debido a la repetición de experimentos fallidos. En particular, los defensores argumentan que permite una colaboración más eficaz [9]​ asi como permite nuevas formas de colaboración que los colaboradores no necesariamente conocen de antemano. Uno de los objetivos de la ciencia del Open Notebook es "mejorar la comunicación científica". [2]​

Un notebook de laboratorio público hace conveniente citar los casos exactos de experimentos utilizados para apoyar los argumentos en los artículos. Por ejemplo, en un documento sobre la optimización de una Reacción de Ugi, [10]​[11]​ tres lotes diferentes del producto son utilizados en la caracterización y cada espectro hace referencia al experimento específico donde se utilizó cada lote: EXP099, [12]​ EXP203 [13]​ y EXP206.[14]​ Esta obra fue publicada posteriormente en el diario de experimentos visualizados, [15]​ demostrando que puede mantenerse la integridad de la procedencia de los datos del notebook de laboratorio en la publicación final de una revista.

Sin más calificaciones, la ciencia del Open Notebook implica que la investigación se está solucionando sobre la marcha y sin demora excesiva o filtro. Esto permite a otros entender exactamente cómo la investigación realmente ocurre dentro de un campo o un grupo de investigación específico. Dicha información podría ser de valor para los colaboradores, futuros alumnos o futuros empleadores. Proporcionando acceso a las páginas de notebook selectiva o insertando un periodo de bloqueo podría ser incompatible con el significado del término "Open" en este contexto. A menos que se informe de correcciónes de errores, experimentos fallidos y resultados ambiguos, no será posible para un observador externo entender exactamente cómo la cienciqa está siendo llevada a cabo. Términos como Pseudo < nombre ref = "pseudoONS" > Bacon, David Pseudo Open portátil ciencia? de Quantum Pontífice 26 de junio de 2008 </ref> o parcial < nombre ref = "partialONS" / > han sido utilizados como calificadores para el intercambio de información de notebook de laboratorio de forma selectiva o con un retraso significativo.

Argumentos contra la ciencia de Open Notebook

Los argumentos contra la adopción del Open Notebook Science se dividen principalmente en tres categorías que tienen diferente importancia en diferentes campos de la ciencia. La principal preocupación, expresada especialmente por científicos biológicos y médicos es la del 'robo de datos' o 'recogida'. Mientras que el grado en que los grupos de investigación roban o adaptan los resultados de los demás sigue siendo un tema de debate, es ciertamente el caso de que el miedo a no ser el primero en publicar unidades cause este comportamiento, especialmente en algunos campos. Esto está relacionado con el enfoque de estos campos en los documentos públicos revisados como la métrica principal del éxito de la carrera.

El segundo avance del argumento en contra del Open Notebook Science es que constituye a una publicación previa, haciéndola imposible para patentes y difícil de publicar los resultados en la literatura tradicional revisada (peer). Con respecto a las patentes, la publicación en la web es claramente clasificada como revelación. Por lo tanto, aunque puede haber discusiones sobre el valor de las patentes y enfoques que sortean este problema, está claro que el Open Notebook Science no es apropiado para la investigación para la que la protección de patentes es un resultado esperado y deseado. Con respecto a la publicación en la literatura revisada, el caso está más claro. La mayoría de los editores de revistas científicas aceptan material que previamente ha sido presentado en una conferencia o en forma de una preimpresión. Los editores que en estos formularios aceptan material que ha sido previamente publicado generalmente han indicado informalmente que la publicación web de datos, incluidos en los Open Notebook Science, entra en esta categoría. Proyectos de Open Notebook Science han sido exitosamente en alto factor de impacto revistas revisadas (peer) [16]​ [17]​ pero esto no ha sido probado con una amplia gama de editores. Es de esperarse que los editores que excluyen explícitamente estas formas de pre-publicación no aceptará material divulgado previamente en un Open Notebook.

El último argumento se relaciona con el problema del 'diluvio de datos'. Si el volumen actual de la literatura de (peer) revisión es demasiado grande para ser manejada por cualquier persona, entonces ¿cómo puede alguien esperar para hacer frente a la enorme cantidad de material no revisado que potencialmente podría estar disponible, especialmente cuando algunos, quizás más, serían de mala calidad? Un argumento relacionado es "mi notebook es demasiado específico" para que pueda ser de interés para otras personas. La cuestión de cómo descubrir material de alta calidad y material pertinente es una cuestión conexa. La cuestión del comisariado y validación de datos y calidad metodológica es un problema grave y que posiblemente tiene relevancia más allá de la Open Notebook Science, pero es un reto especial aquí.

Financiación y patrocinio

El desafío de Open Notebook Science [18]​, ahora dirigido a informar de las medidas de solubilidad en disolventes no acuosos, ha recibido el patrocinio de Submeta[19]​, Naturaleza [20]​ y Sigma-Aldrich [21]​. El primero de los diez ganadores del concurso de diciembre de 2008 fue Jenny Hale. [22]​

Logos

Los logos pueden utilizarse en Notebooks para indicar las condiciones de uso compartido. Plenamente los Open Notebooks están marcados como "Todo el contenido" y el acceso "Inmediato". Parcialmente los Open Notebooks pueden marcarse como "Contenido seleccionado" o "Retrasado". < nombre ref = "logotipos" > abrir el portátil ciencia reclamaciones página </ref>

See also

References

  1. ↑ a b Goetz, T. Freeing the Dark Data of Failed Scientific Experiments Wired Magazine, Sept.25, 2007.
  2. ↑ a b Sanderson, K; Neylon, C (September de 2008). «Data on display». Nature 455 (7211): 273. PMID 18800097. doi:10.1038/455273a. 
  3. ↑ Singh, S. (April de 2008). «Data on display». Cell 133 (2): 201-3. PMID 18423188. doi:10.1016/j.cell.2008.04.003. 
  4. ↑ Lloyd, R. Era of Scientific Secrecy Near End Live Science, Sept 2, 2008.
  5. ↑ Williams, A. J. Internet-based tools for communication and collaboration in chemistry Drug Discovery Today, vol 13, p. 502 (2008).
  6. ↑ Everts, S. Open Source Science, Chemical & Engineering News, July 2006, 84 (30) p. 34.
  7. ↑ Bradley, Jean-Claude. Open Notebook Science Using Blogs and Wikis. Available from Nature Precedings <http://dx.doi.org/10.1038/npre.2007.39.1> (2007)
  8. ↑ Bradley, Jean-Claude Comment on Pseudo Open Notebook Science? from Quantum Pontiff June 27, 2008
  9. ↑ Bradley, Jean-Claude Processing Drug Discovery raw data collaboratively and openly using Open Notebook Science, American Chemical Society National Fall Meeting, Aug 20, 2008. (Philadelphia)
  10. ↑ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom and Williams, Antony (August de 2008). «Optimization of the Ugi reaction using parallel synthesis and automated liquid handling». Nature Precedings. hdl: 10101/npre.2008.2237.1 . 
  11. ↑ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom and Williams, Antony Optimization of the Ugi reaction using parallel synthesis and automated liquid handling (UsefulChem wiki version)
  12. ↑ Bradley, Jean-Claude and Mirza, Khalid UsefulChem EXP099
  13. ↑ Bradley, Jean-Claude and Mirza, Khalid UsefulChem EXP203
  14. ↑ Bradley, Jean-Claude and Mirza, Khalid UsefulChem EXP206
  15. ↑ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom and Williams, Antony (November de 2008). «Optimization of the Ugi reaction using parallel synthesis and automated liquid handling». Journal of Visualized Experiments (21). PMID 19066532. doi:10.3791/942. 
  16. ↑ Plantilla:Citar journal
  17. ↑ Plantilla:Cita journal
  18. ↑ [1] Open Notebook Science Challenge
  19. ↑ Bradley, J.-C. "Submeta Open Notebook Science Awards!" UsefulChem blog November 4, 2008
  20. ↑ Bradley, J.-C. "Nature Sponsors Open Notebook Science Challenge" UsefulChem blog November 20, 2008
  21. ↑ Bradley, J.-C. "Sigma-Aldrich First Official Sponsor of Open Notebook Science Challenge" UsefulChem blog September 30, 2008
  22. ↑ Bradley, J.-C. "First Submeta Open Notebook Science Award Winner" UsefulChem blog November 26, 2008

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