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AGORA2 was developed in 2020 by a research group of the [[University of Galway]] (Ireland) and has raised interest for its potential use in personalized medicine. |
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(*) Para editores avanzados: https://es.wikipedia.org/wiki/WP:ACA/GR -->{{Ficha de software|nombre=AGORA2|desarrollador=Investigadores del laboratorio de Ines Thiele, Universidad de Galway|modelo_desarrollo=Base de datos|licencia=Software libre para la comunidad científica|descubrimiento=2020|última_versión_prueba=AGORA2.01 |
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|fecha_última_versión_prueba=24 de enero de 2023 |
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|idiomas=Inglés|español=No|sitio_web=https://www.thielelab.eu/agora-v2}} |
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== Development == |
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To perform the AGORA2 reconstructions, they first expanded the taxonomic coverage of AGORA1.03 with genomic sequences obtained from literature searches and databases, such as [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]] or PubSEED. The data collection also provided information of the physiological and biochemical characteristics of each strain, which allowed to perform strain-resolved reconstructions. |
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The data obtained was integrated through the semi-automatic program KBase, thus generating a first draft. These reconstructions were transferred to the VHM website to test the thermodynamic, biochemical and structural consistency of the metabolic reactions. The generated inconsistencies were manually analyzed and contrasted with bibliographic and PUBSEED data, which led to the substitution of more than 650 metabolic reactions. |
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AGORA2 se desarrolló en 2020, por un grupo de investigadores de la [[Universidad de Galway]] (Irlanda) y ha generado interés por su uso potencial en el avance de la medicina personalizada. |
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The reconstructions obtained were subjected to a [[test bench]] to check their predictive capacity as metabolic models. If the reconstructions resulted in false predictions, the data curation and refinement process was repeated until a positive result was obtained. |
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== Desarrollo == |
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Para realizar las reconstrucciones de AGORA2, primero se amplió la cobertura taxonómica de AGORA1.03 con secuencias genómicas obtenidas a partir de búsquedas bibliográficas o de bases de datos, como [[Centro Nacional para la Información Biotecnológica|NCBI]] o PubSEED, hasta llegar a 7.302 cepas. En esta recolección de datos, además, se obtuvo información sobre las características fisiológicas y bioquímicas de cada cepa, lo que permitió realizar reconstrucciones específicas a nivel de cepa. |
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== Version history == |
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Los datos obtenidos se integraron a través del programa semiautomático KBase, generando así un primer borrador. Estas reconstrucciones se transfirieron a la web VHM para comprobar la consistencia termodinámica, bioquímica y estructural de las reacciones metabólicas. Las incongruencias generadas se analizaron y contrastaron manualmente con datos bibliográficos y de PubSEED, lo que llevó a la sustitución de más de 650 reacciones metabólicas. |
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In 2017, researchers from the [[University of Galway]], published AGORA on the VMH website (Virtual Metabolic Human), a page that collects information on human and microbial metabolism. AGORA was developed as an alternative to semi-automated reconstruction tools such as CarveMe or gapseq, which don't provide strain-level information. Specifically, AGORA consisted of 773 reconstructions, covering 605 species and 14 phyla. |
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In 2019, it was expanded to 818 rebuilds, resulting in version AGORA1.03. |
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Las reconstrucciones obtenidas se sometieron a un [[banco de pruebas]] para comprobar su capacidad predictiva como modelos metabólicos. Si las reconstrucciones daban lugar a falsas predicciones, se repetía el proceso de curación y refinamiento de datos hasta obtener un resultado positivo. |
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En 2020, taxonomic coverage was expanded resulting in AGORA2 with 7,302 reconstructions, comprising 1644 species and 24 phyla. |
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== Historial de versiones == |
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En 2017, investigadores de la [[Universidad de Galway]], publicaron AGORA en la web del VMH (Virtual Metabolic Human), una página que recoge información sobre el metabolismo humano y microbiano a nivel intestinal. AGORA se desarrolló como alternativa a las herramientas semiautomáticas de reconstrucciones como CarveMe o gapseq, las cuales al no presentar un refinamiento manual, no dan información a nivel de cepa. Concretamente, AGORA consistió en 773 reconstrucciones, que abarcaban 605 especies y 14 filos. |
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== Bibliography == |
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En 2019, se expandió a 818 reconstrucciones, dando lugar a la versión AGORA1.03. |
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| ⚫ | * Heinken, To., Hertel, J., Acharya, G., Ravcheev, D. To., Nyga, M., Okpala, Or. And., Hogan, M., Magnúsdóttir, S., Martinelli, F., Nap, B., Preciat, G., Edirisinghe, J. N., Henry, C. S., Fleming, R. M. T., & Thiele, I. (2023). Genome-scale metabolic reconstruction of 7,302 human microorganisms for personalized medicine. ''Nature biotechnology'', 41(9), 1320–1331. https://doi.org/10.1038/s41587-022-01628-0 |
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En 2020, se amplió la cobertura taxonómica dando lugar a AGORA2 con 7.302 reconstrucciones, que comprendían 1644 especies y 24 filos. |
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| ⚫ | * Heinken, To., Acharya, G., Ravcheev, D. To., Hertel, J., Nyga, M., Okpala, Or., Hogan, M., Magnúsdóttir, S., Martinelli, F., Nap, B., Preciat, G., Edirisinghe, J. N., Henry, C. S., Fleming, R. M. T., & Thiele, I. (2020).AGORA2: Large scale reconstruction of the microbiome highlights wide-spread drug-metabolising capacities. ''bioRxiv''. https://doi.org/10.1101/2020.11.09.37545 |
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== References == |
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== Bibliografía == |
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[[Categoría:Diagnostic gastroenterology]] |
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| ⚫ | *Heinken, |
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| ⚫ | * Heinken, |
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== Referencias == |
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{{listaref}}<!--🚫 No edites esta línea-->{{control de autoridades}}<!--Gracias--> |
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<!--📍Finalmente: Reemplaza {{categorízame}} por [[Categoría:Nombre de categoría]] (con corchetes y en plural) |
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Por ejemplo, si es una aplicación web ✏reemplázalo por [[Categoría:Aplicaciones web]] |
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Si es sobre un software de 1985 reemplázalo por [[Categoría:Software de 1985]] --> |
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[[Categoría:Gastroenterología diagnóstica]] |
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Revisión del 20:19 17 ene 2024
AGORA2 (abbreviation of Assembly of Gut Organisms through Reconstruction and Analysis, version 2) is a software tool that allows predictive models to estimate de capacity of the gut microbiota to degradate or metabolize drugs. Specifically, it performs metabolic genome-scale reconstructions for more than 7,000 strains.[1]
AGORA2 was developed in 2020 by a research group of the University of Galway (Ireland) and has raised interest for its potential use in personalized medicine.
Development
To perform the AGORA2 reconstructions, they first expanded the taxonomic coverage of AGORA1.03 with genomic sequences obtained from literature searches and databases, such as NCBI or PubSEED. The data collection also provided information of the physiological and biochemical characteristics of each strain, which allowed to perform strain-resolved reconstructions.
The data obtained was integrated through the semi-automatic program KBase, thus generating a first draft. These reconstructions were transferred to the VHM website to test the thermodynamic, biochemical and structural consistency of the metabolic reactions. The generated inconsistencies were manually analyzed and contrasted with bibliographic and PUBSEED data, which led to the substitution of more than 650 metabolic reactions.
The reconstructions obtained were subjected to a test bench to check their predictive capacity as metabolic models. If the reconstructions resulted in false predictions, the data curation and refinement process was repeated until a positive result was obtained.
Version history
In 2017, researchers from the University of Galway, published AGORA on the VMH website (Virtual Metabolic Human), a page that collects information on human and microbial metabolism. AGORA was developed as an alternative to semi-automated reconstruction tools such as CarveMe or gapseq, which don't provide strain-level information. Specifically, AGORA consisted of 773 reconstructions, covering 605 species and 14 phyla.
In 2019, it was expanded to 818 rebuilds, resulting in version AGORA1.03.
En 2020, taxonomic coverage was expanded resulting in AGORA2 with 7,302 reconstructions, comprising 1644 species and 24 phyla.
Bibliography
- Heinken, To., Hertel, J., Acharya, G., Ravcheev, D. To., Nyga, M., Okpala, Or. And., Hogan, M., Magnúsdóttir, S., Martinelli, F., Nap, B., Preciat, G., Edirisinghe, J. N., Henry, C. S., Fleming, R. M. T., & Thiele, I. (2023). Genome-scale metabolic reconstruction of 7,302 human microorganisms for personalized medicine. Nature biotechnology, 41(9), 1320–1331. https://doi.org/10.1038/s41587-022-01628-0
- Heinken, To., Acharya, G., Ravcheev, D. To., Hertel, J., Nyga, M., Okpala, Or., Hogan, M., Magnúsdóttir, S., Martinelli, F., Nap, B., Preciat, G., Edirisinghe, J. N., Henry, C. S., Fleming, R. M. T., & Thiele, I. (2020).AGORA2: Large scale reconstruction of the microbiome highlights wide-spread drug-metabolising capacities. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.11.09.37545
References
- ↑ Almut Heinken, Johannes Hertel, Geeta Acharya, Dmitry A. Ravcheev, Malgorzata Nyga, Onyedika Emmanuel Okpala, Marcus Hogan, Stefanía Magnúsdóttir, Filippo Martinelli, Bram Nap, German Preciat, Janaka N. Edirisinghe, Christopher S. Henry, Ronan M. T. Fleming e Ines Thiel (19 de enero de 2023). «Genome-scale metabolic reconstruction of 7,302 human microorganisms for personalized medicine». Nature Biotechnology (en inglés) 41 (9): 1320–1331. Consultado el 27 de diciembre de 2023.