En la temporada 2013 se mantuvo el sistema de competición que se inició en la temporada 2012, de manera que solamente los integrantes de la conferencia LNFA Elite optaron al título de campeón de la Liga.
En la LNFA Elite compitieron los seis mejores equipos de España. Los cuatro equipos mejor clasificados en ella disputaron el play-off por el título nacional. El quinto clasificado disputó una promoción por la permanencia con el segundo clasificado del resto de conferencias. El sexto clasificado descendió de la LNFA Elite automáticamente.
El resto de equipos de la LNFA se repartieron en cuatro conferencias o grupos, una más que la temporada pasada. Además de dos partidos contra el resto de miembros de cada conferencia (uno en casa y otro fuera), cada equipo disputó varios duelos interconferenciales. Al término de la temporada regular los equipos con mejores balances jugaron el play-off por la primera posición y, por lo tanto, por el ascenso a la LNFA Elite. El campeón, Granada Lions, ascendió automáticamente, mientras que el subcampeón, Barberá Rookies, disputó una promoción contra el quinto clasificado de la LNFA Elite, Rivas Osos, que perdió por 34-0.
En el resto de conferencias cada equipo disputa dos encuentros (uno en casa y otro fuera) contra el resto de componentes de su conferencia y otros cuatro contra dos equipos de otras conferencias (también uno fuera y otro en casa), dando lugar todos ellos a la clasificación final de la temporada regular de cada conferencia. Los campeones y subcampeones de conferencia se clasifican para los playoffs que deciden la incorporación a la LNFA Elite.
Leyenda
Primero y segundo de cada conferencia se clasifican para los playoffs
La postemporada (conocida también como “Playoffs”) consta de tres eliminatorias adicionales al cierre de la temporada regular, en donde se enfrentan los cuatro campeones de conferencia contra los cuatro subcampeones de conferencia, enfrentándose entre sí a eliminación directa según el ranking conseguido en la temporada regular (el campeón con mejor balance contra el subcampeón con peor balance y así sucesivamente) y jugando en casa la primera eliminatoria los campeones de conferencia.
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