Diferencia entre revisiones de «UCSF Chimera»

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'''UCSF Chimera''' (o simplemente '''Chimera''') es un programa extensible para la visualización interactiva y el análisis de [[Molécula|estructuras moleculares]] y datos relacionados, incluyendo mapas de densidad, ensamblajes supramoleculares, alineaciones de secuencias, resultados de docking, trayectorias y conjuntos conformacionales. <ref>{{cite journal|title=UCSF Chimera-- un sistema de visualización para la investigación y el análisis exploratorio|last1=Pettersen|first1=EF|last2=Goddard|first2=TD|journal=J Comput Chem|volume=25|issue=13|pages=1605–12|doi=10. 1002/jcc.20084|pmid=15264254|last3=Huang|first3=CC|last4=Couch|first4=GS|last5=Greenblatt|first5=DM|last6=Meng|first6=EC|last7=Ferrin|first7=TE|year=2004|s2cid=8747218}}</ref> Se pueden crear imágenes y películas de alta calidad. Chimera incluye una completa documentación y puede descargarse gratuitamente para uso no comercial.
'''UCSF Chimera''' (o simplemente '''Chimera''') es un programa extensible para la visualización interactiva y el análisis de [[Molécula|estructuras moleculares]] y datos relacionados, incluyendo mapas de densidad, ensamblajes supramoleculares, alineaciones de secuencias, resultados de docking, trayectorias y conjuntos conformacionales. <ref>{{cite journal|title=UCSF Chimera-- un sistema de visualización para la investigación y el análisis exploratorio|last1=Pettersen|first1=EF|last2=Goddard|first2=TD|journal=J Comput Chem|volume=25|issue=13|pages=1605–12|doi=10.1002/jcc.20084|pmid=15264254|last3=Huang|first3=CC|last4=Couch|first4=GS|last5=Greenblatt|first5=DM|last6=Meng|first6=EC|last7=Ferrin|first7=TE|year=2004|s2cid=8747218}}</ref> Se pueden crear imágenes y películas de alta calidad. Chimera incluye una completa documentación y puede descargarse gratuitamente para uso no comercial.


Chimera ha sido desarrollado por el Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) de la [[Universidad de California, San Francisco]]. El desarrollo está parcialmente apoyado por los [[Institutos Nacionales de Salud]]. El programa de próxima generación es UCSF ChimeraX.<ref>{{cite journal|título=UCSF quimerax: cumpliendo con los desafíos modernos en la visualización y el análisis|last1=Goddard|first1=T. D.|last2=Huang|first2=C. C.|journal=Protein Science|volumen=27|pages=14-25|doi=10.1002/pro.3235|pmc=5734306|pmid=28710774|last5=Couch|first5=G. S.|last6=Morris|first6=J. H.|last7=Ferrin|first7=T. E.|año=2017|primero4=E. F.|último4=Pettersen|emisión=1|primero3=E. C.|último3=Meng}}</ref>
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Junto con swissdock, ha sido usado para simulación de [[Acoplamiento molecular|acoplamiento proteína-ligando]], lo que es esencial para el [[Diana terapéutica|descubrimiento de nuevas dianas]];<ref>{{Cita publicación|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31452106/|título=Docking with SwissDock|apellidos=Bitencourt-Ferreira|nombre=Gabriela|apellidos2=de Azevedo|nombre2=Walter Filgueira|fecha=2019|publicación=Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.)|volumen=2053|páginas=189–202|fechaacceso=2021-11-21|issn=1940-6029|doi=10.1007/978-1-4939-9752-7_12|pmid=31452106}}</ref> también ha sido usado para visualizar superficies de microcopía de fluorescencia,<ref>{{Cita libro|título=Three-Dimensional Surface Rendering of ESCRT Proteins Microscopy Data Using UCSF Chimera Software|nombre=Romain|nombre-editor=Emmanuel|apellidos3=Lefebvre|nombre3=Christophe|apellidos2=Bianchi|nombre2=Michele W.|apellidos=Le Bars|idioma=en|url=https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9492-2_11|doi=10.1007/978-1-4939-9492-2_11|serie=Methods in Molecular Biology|páginas=149–161|isbn=978-1-4939-9492-2|fechaacceso=2021-11-21|fecha=2019|editorial=Springer|apellido-editor=Culetto}}</ref> y, integrado en servicios web, permite un conjunto ampliado de funciones, incluida la realización de tareas de cálculo intensivo y búsquedas en bases de datos.<ref>{{Cita publicación|url=https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gku377|título=Enhancing UCSF Chimera through web services|apellidos=Huang|nombre=Conrad C.|apellidos2=Meng|nombre2=Elaine C.|fecha=2014-05-26|publicación=Nucleic Acids Research|volumen=42|número=W1|páginas=W478–W484|fechaacceso=2021-11-21|issn=1362-4962|doi=10.1093/nar/gku377|pmc=PMC4086125|pmid=24861624|apellidos3=Morris|nombre3=John H.|apellidos4=Pettersen|nombre4=Eric F.|apellidos5=Ferrin|nombre5=Thomas E.}}</ref>


== Véase también ==
== Véase también ==

Revisión del 15:40 21 nov 2021

UCSF Chimera
Información general
Tipo de programa software
Licencia Freeware para uso no comercial
Archivos legibles
  • Protein Data Bank
  • CCP4
  • SMILES
  • XYZ file format
  • MDL Molfile
  • Stockholm format
  • Digital Asset Exchange
  • VRML
Enlaces
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UCSF Chimera (o simplemente Chimera) es un programa extensible para la visualización interactiva y el análisis de estructuras moleculares y datos relacionados, incluyendo mapas de densidad, ensamblajes supramoleculares, alineaciones de secuencias, resultados de docking, trayectorias y conjuntos conformacionales. [1]​ Se pueden crear imágenes y películas de alta calidad. Chimera incluye una completa documentación y puede descargarse gratuitamente para uso no comercial.

Chimera ha sido desarrollado por el Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) de la Universidad de California, San Francisco. El desarrollo está parcialmente apoyado por los Institutos Nacionales de Salud. El programa de próxima generación es UCSF ChimeraX.[2]​

Junto con swissdock, ha sido usado para simulación de acoplamiento proteína-ligando, lo que es esencial para el descubrimiento de nuevas dianas;[3]​ también ha sido usado para visualizar superficies de microcopía de fluorescencia,[4]​ y, integrado en servicios web, permite un conjunto ampliado de funciones, incluida la realización de tareas de cálculo intensivo y búsquedas en bases de datos.[5]​

Véase también

Referencias

  1. ↑ Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Couch, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). «UCSF Chimera-- un sistema de visualización para la investigación y el análisis exploratorio». J Comput Chem 25 (13): 1605-12. PMID 15264254. S2CID 8747218. doi:10.1002/jcc.20084. 
  2. ↑ Goddard, T. D.; Huang, C. C. (2017). «UCSF quimerax: cumpliendo con los desafíos modernos en la visualización y el análisis». Protein Science 27: 14-25. PMC 5734306. PMID 28710774. doi:10.1002/pro.3235. 
  3. ↑ Bitencourt-Ferreira, Gabriela; de Azevedo, Walter Filgueira (2019). «Docking with SwissDock». Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.) 2053: 189-202. ISSN 1940-6029. PMID 31452106. doi:10.1007/978-1-4939-9752-7_12. Consultado el 21 de noviembre de 2021. 
  4. ↑ Le Bars, Romain; Bianchi, Michele W.; Lefebvre, Christophe (2019). Culetto, Emmanuel, ed. Three-Dimensional Surface Rendering of ESCRT Proteins Microscopy Data Using UCSF Chimera Software. Methods in Molecular Biology (en inglés). Springer. pp. 149-161. ISBN 978-1-4939-9492-2. doi:10.1007/978-1-4939-9492-2_11. Consultado el 21 de noviembre de 2021. 
  5. ↑ Huang, Conrad C.; Meng, Elaine C.; Morris, John H.; Pettersen, Eric F.; Ferrin, Thomas E. (26 de mayo de 2014). «Enhancing UCSF Chimera through web services». Nucleic Acids Research 42 (W1): W478-W484. ISSN 1362-4962. PMC 4086125. PMID 24861624. doi:10.1093/nar/gku377. Consultado el 21 de noviembre de 2021. 

Enlaces externos

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