Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages

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Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages
Información general
Tipo de programa software
Licencia GPLv3
Información técnica
Programado en Python
Versiones
Última versión estable 2.3.523 de marzo de 2021
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La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (en español, Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados) (PANGOLIN por sus siglas) es una herramienta de software[1]​ desarrollada por miembros del laboratorio de Andrew Rambaut, con una aplicación web asociada desarrollada por el Centro de vigilancia de patógenos genómicos en South Cambridgeshire.[2]​ Su propósito es implementar una nomenclatura dinámica (conocida como nomenclatura PANGO) para clasificar los linajes genéticos del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19.[3]​ Un usuario con una secuencia completa del genoma de una muestra de SARS-CoV-2 puede usar la herramienta para enviar esa secuencia, que luego se compara con otras secuencias del genoma y se le asigna el linaje más probable (linaje PANGO).[4]​ Son posibles ejecuciones únicas o múltiples, y la herramienta puede devolver más información sobre el historial conocido del linaje asignado.[4]​ Además, interactúa con Microreact, para mostrar una secuencia de tiempo de la ubicación de los informes de muestras secuenciadas del mismo linaje.[4]​ Esta última característica se basa en genomas disponibles públicamente obtenidos del COVID-19 Genomics UK Consortium y de los presentados a GISAID.[4]​ Lleva el nombre del pangolín.

Contexto[editar]

Un linaje Pango se describe como un grupo de secuencias asociadas con un evento epidemiológico por ejemplo, la introducción del virus en un área geográfica distinta con evidencia de propagación.[3]​

Referencias[editar]

  1. ↑ «Release pangolin v3.1.4 · cov-lineages/pangolin». GitHub (en inglés). Consultado el 29 de noviembre de 2021. 
  2. ↑ «Real-Time Epidemiology for COVID-19 | Centre for Genomic Pathogen Surveillance». www.pathogensurveillance.net. Consultado el 29 de noviembre de 2021. 
  3. ↑ a b Rambaut, Andrew; Holmes, Edward C.; O’Toole, Áine; Hill, Verity; McCrone, John T.; Ruis, Christopher; du Plessis, Louis; Pybus, Oliver G. (1 de noviembre de 2020). «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature microbiology 5 (11): 1403-1407. ISSN 2058-5276. PMC 7610519. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. Consultado el 29 de noviembre de 2021. 
  4. ↑ a b c d «Pangolin web application release». Virological (en inglés). 13 de mayo de 2020. Consultado el 29 de noviembre de 2021. 

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