Diferencia entre revisiones de «Centro Nacional de Análisis Genómico»
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* '''Biorepositorio''' que contiene muestras de [[Ácido ribonucleico|ARN]] y [[Ácido desoxirribonucleico|ADN]] que serán sometidas a un control previo a la secuenciación. En el caso del DNA se detectan inhibidores a la [[reacción en cadena de la polimerasa]] (PCR), mientras que las muestras de ARN se evalúan en degradación mediante el ''Agilent 2100 Bioanalyzer''. Ambos tipos de muestras se cuantifican para saber su concentración. |
* '''Biorepositorio''' que contiene muestras de [[Ácido ribonucleico|ARN]] y [[Ácido desoxirribonucleico|ADN]] que serán sometidas a un control previo a la secuenciación. En el caso del DNA se detectan inhibidores a la [[reacción en cadena de la polimerasa]] (PCR), mientras que las muestras de ARN se evalúan en degradación mediante el ''Agilent 2100 Bioanalyzer''. Ambos tipos de muestras se cuantifican para saber su concentración. |
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* '''Producción''' massiva de sequenciado. Utilizando tecnología ''Illumina HiSeq 4000'', ''HiSeq 2500'', ''HiSeq 2000'', ''Illumina MiSeq'' y ''cBots''. |
* '''Producción''' massiva de sequenciado. Utilizando tecnología ''Illumina HiSeq 4000'', ''HiSeq 2500'', ''HiSeq 2000'', ''Illumina MiSeq'' y ''cBots''. |
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* '''Unidad bioinformática'''. Desarrollo, mejora y automatización de las herramientas de análisis computacional. |
* '''Unidad bioinformática'''. Desarrollo, mejora y automatización de las herramientas de análisis computacional. |
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* [[Montaje de secuencias|'''Ensamblaje genómico''']] y anotación de genes. Utilizan software de predicción de genes [[Predicción de genes#Aproximaciones Ab Initio|ab initio]] y por búsqueda de homología con proteínas ya conocidas ([[Predicción de genes#Aproximaciones por Gen.C3.B3mica Comparativa|genómica comparativa]]). Respaldan estos resultados con experimentos de [[RNA-seq]] y alineamiento de [[Marcador de secuencia expresada|EST]]. Posterior asociación de cada gen con una función molecular. |
* [[Montaje de secuencias|'''Ensamblaje genómico''']] y anotación de genes. Utilizan software de predicción de genes [[Predicción de genes#Aproximaciones Ab Initio|ab initio]] y por búsqueda de homología con proteínas ya conocidas ([[Predicción de genes#Aproximaciones por Gen.C3.B3mica Comparativa|genómica comparativa]]). Respaldan estos resultados con experimentos de [[RNA-seq]] y alineamiento de [[Marcador de secuencia expresada|EST]]. Posterior asociación de cada gen con una función molecular. |
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* '''Grupo de investigación en [[genética de poblaciones]]'''. Una de las principales tareas es determinar regiones del genoma que muestran un exceso de diferencias entre individuos compatible con la presencia de presión selectiva. |
* '''Grupo de investigación en [[genética de poblaciones]]'''. Una de las principales tareas es determinar regiones del genoma que muestran un exceso de diferencias entre individuos compatible con la presencia de [[presión selectiva]]. |
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* [[Genómica]] del [[cáncer]]. |
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* [[Genómica]] de infeciones. |
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* [[Genómica]] de [[Organismo modelo|organismos modelo]] (por ejemplo el genoma del olivo<ref>{{Cita noticia|apellidos=Mercacei|título=Científicos de tres centros españoles descifran el genoma completo del olivo|url=http://www.mercacei.com/noticia/45900/Actualidad/Cientificos-de-tres-centros-espanoles-descifran-el-genoma-completo-del-olivo.html|fechaacceso=2016-12-31|periódico=Mercacei}}</ref><ref>{{Cita publicación|url=http://dx.doi.org/10.1186/s13742-016-0134-5|título=Genome sequence of the olive tree, Olea europaea|apellidos=Cruz|nombre=Fernando|apellidos2=Julca|nombre2=Irene|fecha=2016-01-01|publicación=GigaScience|volumen=5|páginas=29|fechaacceso=2016-12-31|issn=2047-217X|doi=10.1186/s13742-016-0134-5|pmc=4922053|pmid=27346392|apellidos3=Gómez-Garrido|nombre3=Jèssica|apellidos4=Loska|nombre4=Damian|apellidos5=Marcet-Houben|nombre5=Marina|apellidos6=Cano|nombre6=Emilio|apellidos7=Galán|nombre7=Beatriz|apellidos8=Frias|nombre8=Leonor|apellidos9=Ribeca|nombre9=Paolo}}</ref> o el del melocotón<ref>{{Cita noticia|título=Entrevista a Pere Arús, director científico del Irta|url=https://www.interempresas.net/Horticola/Articulos/108580-Entrevista-a-Pere-Arus-director-cientifico-del-Irta.html|fechaacceso=2016-12-31|periódico=Interempresas}}</ref>). |
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* [[Genómica]] de [[Organismo modelo|organismos modelo]]. |
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* [[Biología sintética|Biología Sintética.]] |
* [[Biología sintética|Biología Sintética.]] |
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Revisión del 18:43 31 dic 2016
| Centro Nacional de Análisis Genómico | ||
|---|---|---|
| Tipo | centro de investigación | |
| Campo | secuenciación de ADN | |
| Fundación | 2009 | |
| Fundador |
Ministerio de Economía y Competitividad de España Gobierno de Cataluña | |
| Sede central | Barcelona (España) | |
| Propietario | Centro de Regulación Genómica | |
| Coordenadas | 41°22′57″N 2°06′57″E / 41.382535, 2.115972 | |
| Sitio web | www.cnag.eu | |
El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) es una institución especializada en secuenciación masiva y análisis genómico que se encuentra en el Parque Científico de Barcelona.
Fue fundado el 2009 por el Ministerio de Economía y Competitividad español y el Departament de Salut, Economia i Coneixement del Gobierno de Cataluña, aunque no empezó a funcionar hasta marzo del 2010. Desde su fundación ha estado dirigido por el doctor Ivo Gut[1].
Los proyectos de secuenciación y análisis de datos engloban áreas de investigación tales como genética del cáncer, preservación de especies amenazadas, desarrollo y mejora de especies de interés agrícola, epigenómica, genómica de las enfermedades infecciosas y genómica comparativa entre otros.
La mayor parte de la infraestrutura de computación que se utiliza es proporcionada por el BSC. En julio del 2015 se integra como parte del Centro de Regulación Genómica (CRG)[2].
Esta institución ocupa uno de los primeros puestos europeos en secuenciación masiva, gracias al uso de tecnologías de última generación es posible obtener 800 Gbases/día, equivalente a ocho genomas humanos cada día[3].
El CNAG obtuvo la acreditación de la Entidad Nacional de Acreditación (ENAC) para la realización de análisis genómicos a gran escala. Todos los estudios se desarrollan bajo un marco legal acorde con la normativa ISO/IEC 17025 y de competencia técnica[4]. Así se aseguran que los datos producidos tienen la calidad requerida por sus clientes.
Unidades de Trabajo
El centro está dividido en 6 unidades distintas coordinadas entre ellas[5]:
- Biorepositorio que contiene muestras de ARN y ADN que serán sometidas a un control previo a la secuenciación. En el caso del DNA se detectan inhibidores a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), mientras que las muestras de ARN se evalúan en degradación mediante el Agilent 2100 Bioanalyzer. Ambos tipos de muestras se cuantifican para saber su concentración.
- Producción massiva de sequenciado. Utilizando tecnología Illumina HiSeq 4000, HiSeq 2500, HiSeq 2000, Illumina MiSeq y cBots.
- Análisis de célula única (single-cell sequencing). Para conocer el genoma, transcriptoma así como el epigenoma. Con el objetivo de identificar alteraciones somáticas que se puedan correlacionar con el fenotipo de enfermedad.
- Unidad bioinformática. Desarrollo, mejora y automatización de las herramientas de análisis computacional.
- Ensamblaje genómico y anotación de genes. Utilizan software de predicción de genes ab initio y por búsqueda de homología con proteínas ya conocidas (genómica comparativa). Respaldan estos resultados con experimentos de RNA-seq y alineamiento de EST. Posterior asociación de cada gen con una función molecular.
- Grupo de investigación en genética de poblaciones. Una de las principales tareas es determinar regiones del genoma que muestran un exceso de diferencias entre individuos compatible con la presencia de presión selectiva.
Áreas de Investigación
CNAG centra sus recursos en el análisis y la interpretación de la información genómica en cinco áreas de interés:
- Identificación de genes relacionados con enfermedades.
- Genómica del cáncer.
- Genómica de infeciones.
- Genómica de organismos modelo (por ejemplo el genoma del olivo[6][7] o el del melocotón[8]).
- Biología Sintética.
Proyectos Actuales
El centro, a parte de su labor como asesor en análisis genómico y centro de sequenciación externo, también participa activamente en numerosos proyectos de carácter nacional e internacional:
- SINGEK (Promoting SINgle cell GEnomics to explore the ecology and evolution of hidden microeuKaryotes)
- ELIXIR - EXCELERATE
- MuG (Multi-scale complex Genomics)
- B-CAST (Breast-CAncer STratification)
- 4D GENOME
- BBMRI-LPC
- IBD-CHARACTER (Inflammatory Bowel Disease CHARACTERization)
- RD-CONNECT (Rare Disease Connect)
- ChrCycle (Chromatine Cycle)
- BLUEPRINT
- LYNX GENOMICS
- AirPROM (Airway Disease Predicting Outcome through Patient Specific Modelling)
- ICGC - CLL (Genomic study of Chronic Lymphocytic Leukaemia)
- PRIMATES
Referencias
- ↑ «Institution | CNAG». www.cnag.es. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ «El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) se integra en el CRG para impulsar la investigación del genoma en Barcelona - Parc Científic de Barcelona». www.pcb.ub.edu. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ «Sequencing Production | CNAG». www.cnag.es. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ «Quality Policy & Certificates | CNAG». www.cnag.es. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ «Meet Our Team | CNAG». www.cnag.es. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ Mercacei. «Científicos de tres centros españoles descifran el genoma completo del olivo». Mercacei. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ Cruz, Fernando; Julca, Irene; Gómez-Garrido, Jèssica; Loska, Damian; Marcet-Houben, Marina; Cano, Emilio; Galán, Beatriz; Frias, Leonor et al. (1 de enero de 2016). «Genome sequence of the olive tree, Olea europaea». GigaScience 5: 29. ISSN 2047-217X. PMC 4922053. PMID 27346392. doi:10.1186/s13742-016-0134-5. Consultado el 31 de diciembre de 2016.
- ↑ «Entrevista a Pere Arús, director científico del Irta». Interempresas. Consultado el 31 de diciembre de 2016.