El equipo nació en 1963, como un club independiente fundado por la compañía eléctrica Endesa, ubicado en el barrio ponferradino de Compostilla, donde la empresa estatal inauguró su primera central térmica en España. Fue fundado con el nombre de Club de Fútbol Endesa de Ponferrada.
En el año 2000, el equipo pasara a convertirse en el filial de la Ponferradina, integrándolo en la estructura del club y tomando el nombre actual de "SD Ponferradina "B".
El 25 de abril de 2013, la S.D. Ponferradina anunció la eliminación de su equipo filial, la S.D. Ponferradina "B", con motivo del gasto en la remodelación de las instalaciones Vicente del Bosque, la Deportiva decidió rebajar otros gastos en los relativo a la cantera, siempre dejando una puerta abierta a recuperar equipos o en su caso categorías. Uno de los perjudicados fue la S.D. Ponferradina "B", que había consumado el descenso a Regional de Aficionados. Al mismo tiempo, se firmó un acuerdo de filialidad de tres años con C.D. Flores del Sil.
El acuerdo con el C.D. Flores del Sil se mantuvo únicamente durante la temporada 2013-2014 ya que para la siguiente temporada la S.D. Ponferradina decide volver a inscribir a la S.D. Ponferradina "B" en la relación de equipos que participarán en las competiciones de la Federación de Castilla y León de Fútbol durante la temporada 2014-2015, después de un año sin participar en las mismas. El objetivo en la temporada del regreso del filial blanquiazul era quedar entre los tres primeros para ascender de categoría con resultado positivo, quedando segundos en la clasificación y ascendiendo a Primera División Provincial de León
En la temporada 2013/2014 el club sufre una gran remodelación a nivel estructural, apostando firmemente por la cantera, contando con ilustres jugadores blaquiazules en la Dirección Técnica como Juan Fuentes y Rubén Vega y contando con el prometedor entrenador berciano Manolo Pérez.
Para esta temporada se ficha también a Ian (Morenica), Ruben (Norwich City) y Jaime (Astorga) además de otras 5 Altas.
En la temporada 2012/2013 el equipo nuevamente sufre notables bajas como las de Alberto Tabuyo y Diego Melendez y numerosas altas subidas directamente del juvenil de otros equipos de la comarca, siendo el fichaje de Luis Cabral el más destacado por su gran velocidad y arrancada de balón.
Sociedad Deportiva Ponferradina B: (2000-2013) Compra de los derechos del Club de Fútbol Endesa de Ponferrada.
Club Deportivo Flores del Sil: (2013-2014) Desaparición de la Sociedad Deportiva Ponferradina B y acuerdo de filialidad con el Club Deportivo Flores del Sil.
Sociedad Deportiva Ponferradina B: (2014-) Desaparición del equipo senior del Club Deportivo Flores del Sil y vuelta a la denominación de Sociedad Deportiva Ponferradina B.
Uniforme titular: Camiseta a rayas verticales azules y blancas con detalles amarillos, pantalón azul y medias azules.
Uniforme alternativo: Camiseta homenaje a Las Médulas, Patrimonio de la Humanidad de El Bierzo. Sus colores se inspiran en los matices de su tierra y el oro que se obtenía de sus entrañas.
Tercer uniforme: Camiseta inspirada en los Montes Aquilianos y al agua que corría por sus canales. Tonalidades azules y formas onduladas con toques amarillo 'Gold' en homenaje al oro extraído de Las Médulas.
Los equipos españoles están limitados a tener en la plantilla un máximo de tres jugadores sin pasaporte de la Unión Europea. La lista incluye solo la principal nacionalidad de cada jugador, algunos de los jugadores no europeos tienen doble nacionalidad de algún país de la UE:
↑El club se registra oficialmente como club filial adscrito a la Sociedad Deportiva Ponferradina a todos los efectos en el año 2000 bajo el nombre de Sociedad Deportiva Ponferradina "B".
José Silvano
Compostilla, Ponferrada, León, España
Tercera División RFEF
Gastos en fichajes: 0 € 
F.C. Ordino
Lamine Diaby
Steven Sibille
Paulo Aguas (invierno)
Hallam F.C.
Ingresos por ventas: 0 € 
Omar Jaiteh
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Ibrahim Covi
Nikita Fedotov
Sin Equipo
CFR Cluj
Carolina Core FC
Armenia
Datos: Q7389522