Anexo:Software para alineamiento estructural

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Esta lista de software para alineamiento estructural es una compilación de herramientas software y portales web utilizados en alineamientos estructurales de pares o múltiples.


Lista de software para alineamiento estructural[editar]

NOMBRE Descripción Clase Tipo Flexible Enlace Autor Año
MAMMOTH MAtching Molecular Models Obtained from Theory Cα Par No servidor AR. Ortiz 2002
CE/CE-MC Combinatorial Extension -- Monte Carlo Cα Multi No servidor I. Shindyalov 2000
DaliLite Distance Matrix Alignment C-Map Par No servidor L. Holm 1993
VAST Vector Alignment Search Tool SSE Par --- servidor S. Bryant 1996
PrISM Protein Informatics Systems for Modeling SSE Multi --- servidor B. Honig 2000
SSAP Sequential Structure Alignment Program SSE Multi No servidor C. Orengo & W. Taylor 1989
SARF2 Spatial ARrangements of Backbone Fragments SSE Par --- servidor N. Alexandrov 1996
KENOBI/K2 NA SSE Par --- servidor Z. Weng 2000
STAMP STructural Alignment of Multiple Proteins Cα Multi No servidor R. Russell & G. Barton 1992
MASS Multiple Alignment by Secondary Structure SSE Multi --- servidor O. Dror & H. Wolfson 2003
SCALI Structural Core ALIgnment of proteins Seq Par --- servidor C. Bystroff 2004
DEJAVU NA SSE Par --- servidor GJ. Kleywegt 1997
SSM Secondary Structure Matching SSE Multi --- servidor E. Krissinel 2003
SHEBA Structural Homology by Environment-Based Alignment Seq Par --- servidor B. Lee 2000
LGA Local-Global Alignment Cα Par --- servidor A. Zemla 2003
POSA Partial Order Structure Alignment Cα Multi Sí servidor Y. Ye & A. Godzik 2005
PyMOL El comando "super" realiza alineamiento 3D independiente de la secuencia Proteína Hybrid No sitio web W. L. DeLano 2007
FATCAT Flexible Structure AlignmenT by Chaining Aligned Fragment Pars Allowing Twists Cα Par Sí servidor Y. Ye & A. Godzik 2003
Matras MArkovian TRAnsition of protein Structure Cα & SSE Par --- NA K. Nishikawa 2000
MAMMOTH-mult MAMMOTH-based multiple structure alignment Cα Multi No servidor D. Lupyan 2005
Protein3Dfit NA C-Map Par --- servidor D. Schomburg 1994
PRIDE PRobaility of IDEntity Cα Par --- servidor S. Pongor 2002
FAST FAST Alignment and Search Tool Cα Par --- servidor J. Zhu 2004
C-BOP Coordinate-Based Organization of Proteins N/A Multi --- servidor E. Sandelin 2005
ProFit Protein least-squares Fitting Cα Multi --- servidor ACR. Martin 1996
TOPOFIT Alineamiento como superposición de volúmenes comunes en un punto topomax Cα Par --- servidor VA. Ilyin 2004
MUSTANG MUltiple STructural AligNment AlGorithm Cα & C-Map Multi --- descargar A.S. Konagurthu et al. 2005
URMS Unit-vector RMSD Cα Par --- servidor K. Kedem 2003
LOCK Superposición jerárquica de estructuras de proteínas SSE Par No NA AP. Singh 1997
LOCK 2 Mejoras sobre LOCK SSE Par No descargar J. Shapiro 2003
CBA Consistency Based Alignment SSE Multi --- descargar J. Ebert 2006
TetraDA Tetrahedral Decomposition Alignment SSE Multi Sí NA J. Roach 2005
STRAP STRucture based Alignment Program Cα Multi --- servidor C. Gille 2006
LOVOALIGN Low Order Value Optimization methods for Structural Alignment Cα Par --- servidor Andreani et al. 2006
GANGSTA Genetic Algorithm for Nonsequential and Gapped STructural Alignment SSE/C-Map Par --- servidor B. Kolbeck et al. 2006
TM-align TM-score based protein structure alignment Cα Par --- sitio web Y. Zhang & J. Skolnick 2005
MatAlign Comparación de estructuras de proteínas por Matrix Alignment C-Map Par --- sitio web Z. Aung & K.L. Tan 2006
Vorolign Alineamientos de estructura rápidos utilizando relaciones de Voronoi C-map Multi Sí servidor F. Birzele et al. 2007
EXPRESSO Alineamientos múltiples de estructura rápidos usando T-Coffee y Sap Cα Multi --- sitio web C. Notredame et al. 2007
CAALIGN Alineamiento Cα Cα Multi --- sitio web T.J. Oldfield 2007
YAKUSA Coordenadas internas y algoritmo tipo BLAST Cα Par --- sitio web M. Carpentier et al. 2005
CLEMAPS Alineamientos de alfabetos basados en conformación Cα Multi --- NA W-M. Zheng 2007
TALI Torsion Angle ALIgnment Cα Par No NA X. Mioa 2006
MolCom NA Geometría Multi --- NA S.D. O'Hearn 2003
MALECON NA Geometría Multi --- NA S. Wodak 2004
FlexProt Flexible Alignment of Protein Structures Cα Par Sí servidor M. Shatsky & H. Wolfson 2002
MultiProt Multiple Alignment of Protein Structures Geometría Multi Sí servidor M. Shatsky & H. Wolfson 2004
CTSS Alineamientos de estructura de proteínas usando características geométricas locales Geometría Par --- sitio web T. Can 2004
CURVE NA Geometría Multi No sitio web D. Zhi 2006
Matt Multiple Alignment with Translations and Twists Cα Multi Sí descargar M. Menke 2008
TopMatch Alineamiento de estructuras de proteínas y visualización de similitudes estructurales Cα Par No servidor M. Sippl & M. Wiederstein 2008
SSGS Secondary Structure Guided Superimposition Ca Par No sitio web G. Wainreb et al. 2006
Matchprot Comparación de estructuras de proteínas por alineamientos vecinales crecientes Cα Par No servidor S. Bhattacharya et al. 2007
UCSF Chimera see MatchMaker tool and "matchmaker" command Seq & SSE Multi No sitio web E. Meng et al. 2006
FLASH Fast aLignment Algorithm for finding Structural Homology of proteins SSE Par No NA E.S.C. Shih & M-J Hwang 2003
RAPIDO Rapid Alignment of Protein structures In the presence of Domain mOvements Cα Par Sí servidor R. Mosca & T.R. Schneider 2008
ComSubstruct Alineamiento estructural basado en codificación geométrica diferencial Geometría Par Sí sitio web N. Morikawa 2008

Claves:

  • Cα -- Alineamiento por átomo (Cα) de esqueleto (Backbone Atom (Cα) Alignment);
  • SSE -- Alineamiento de elementos de estructura secundaria (Secondary Structure Elements Alignment);
  • Seq -- Alineamiento basado en secuencia;
  • Par -- Alineamiento de pares (2 estructuras *solo*);
  • Multi -- Alineamiento múltiple de estructuras;
  • C-Map -- Mapa de contacto;

Véase también[editar]

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