Anexo:Software para alineamiento de secuencias

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Esta lista de software para alineamiento de secuencias es una compilación de herramientas software y portales web usados en alineamiento de secuencias de pares y alineamiento múltiple de secuencias. Ver Anexo:Software para alineamiento estructural para alineamiento estructural de proteínas.

Sólo búsquedas en bases de datos[editar]

Nombre Descripción Tipo de secuencia* Enlace
BLAST Búsqueda local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool) Ambos NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Sólo proteínas)
Extensión combinatoria Búsqueda de alineamiento estructural Proteína servidor
FASTA Búsqueda local de k-tuplas Ambos EBI DDBJ GenomeNet PIR (Sólo proteínas)
GGSEARCH / GLSEARCH Alineamiento con estadística Global:Global (GG), Global:Local (GL) Proteína servidor FASTA
HMMER Búsqueda de perfiles ocultos de Markov Proteína/ADN Descargar (S. Eddy) DDBJ (HMMPFAM)
IDF Inverse Document Frequency Ambos Descargar
Infernal Búsqueda SCFG de perfil ARN Descargar (S. Eddy)
SAM Búsqueda de perfiles ocultos de Markov Proteína/ADN SAM (K. Karplus, A. Krogh)
SSEARCH Búsqueda Smith-Waterman (más sensible que FASTA) Ambos servidor EBI DDBJ
SWIMM Búsqueda Smith-Waterman en arquitecturas multicore y manycore de Intel Proteína Descargar (Rucci et al [1]​)
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Alineamiento múltiple de secuencias[editar]

Nombre Descripción Tipo de secuencia* Tipo de alineamiento Type** Enlace Autor Año
ABA Alineamiento A-Bruijn Proteína Global descargar B.Raphaelet al. 2004
ALE Alineamiento manual; alguna asistencia software Nucleótidos Local descargar J. Blandy y K. Fogel 1994 (última versión 2007)
AMAP Annealing de secuencias Ambos Global servidor A. Schwartz y L. Pachter 2006
BAli-Phy Alineamientos árbol+multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation Ambos Global WWW+descargar BD Redelings y MA Suchard 2005 (última versión 2013)
CHAOS/DIALIGN Alineamiento iterativo Ambos Local (preferida) servidor M. Brudno y B. Morgenstern 2003
ClustalW Alineamiento progresivo Ambos Local o Global descargar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet Thompson et al. 1994
CodonCode Aligner Multi-alineamiento; soporte ClustalW y Phrap Nucleótidos Local o Global descargar P. Richterich et al. 2003 (última versión 2007)
DIALIGN-TX y DIALIGN-T Método basado en segmentos Ambos Local (preferida) o Global descargar y servidor A.R.Subramanian 2005 (última versión 2008)
ADN Baser Multi-alineamiento Ambos Local o Global + post-proceso ADN Baser (comercial) M. Gabriel publicado en 2005
Ed'Nimbus Seeded filtration Nucleótidos Local servidor P. Peterlongo et al. 2006
Geneious Alineamiento progresivo/iterativo; plugin para ClustalW Ambos Local o Global descargar A.J. Drummond et al. 2005 / 2006
Kalign Alineamiento progresivo Ambos Global servidorEBI MPItoolkit T. Lassmann 2005
MSA Programación dinámica Ambos Local o Global descargar D.J. Lipman et al. 1989 (modificado 1995)
PRRN/PRRP Alineamiento iterativo (especialmente refinamiento) Proteína Local o Global PRRP PRRN Y. Totoki (basado en O. Gotoh) 1991 y posteriores
POA Modelo oculto de Markov/orden parcial Proteína Local o Global descargar C. Lee 2002
SAM Modelo oculto de Markov Proteína Local o Global servidor A. Krogh et al. 1994 (versión más reciente 2002)
MAFFT Alineamiento progresivo/iterativo Ambos Local o Global GenomeNet MAFFT K. Katoh et al. 2005
MAVID Alineamiento progresivo Ambos Global servidor N. Bray y L. Pachter 2004
MULTALIN Programación dinámica/clustering Ambos Local o Global servidor F. Corpet 1988
Multi-LAGAN Alineamiento progresivo por programación dinámica Ambos Global servidor M. Brudno et al. 2003
MUSCLE Alineamiento progresivo/iterativo Ambos Local o Global servidor R. Edgar 2004
ProbCons Probabilístico/consistencia Proteína Local o Global servidor C. Do et al. 2005
PSAlign Alineamiento preservando no-heurística Ambos Local o Global descargar S.H. Sze, Y. Lu, Q. Yang. 2006
SAGA Alineamiento de secuencias por algoritmo genético Proteína Local o Global descargar C. Notredame et al. 1996 (nueva versión 1998)
T-Coffee Alineamiento progresivo más sensible Ambos Local o Global servidor C. Notredame et al. 2000
RevTrans Combina ADN y alineamiento de proteínas, por traducción inversa de alineamiento de proteínas a ADN. ADN/Proteína (especial) Local o Global servidor Wernersson y Pedersen 2003 (versión más reciente 2005)
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido. **Tipo de alineamiento: Local o global

Análisis genómico[editar]

Nombre Descripción Tipo de secuencia* Enlace
SLAM Predicción de genes, alineamiento, anotación (identificación de homología humano-ratón) Nucleótido servidor
Mauve Alineamiento múltiple de genomas reorganizados Nucleótido descargar
MGA Alineador múltiple de genomas Nucleótido descargar
Mulan Alineamientos múltiples locales de secuencias de tamaño genómico Nucleótido servidor
Sequerome Perfilado de información sobre alineamiento de secuencias recurriendo a los principales servidores/servicios Nucleótido/péptido servidor
AVID Alineamiento global por pares con genomas completos Nucleótido servidor
SIBsim4 / Sim4 Programa diseñado para alinear una secuencia expresada de ADN con una secuencia genómica, permitiendo intrones Nucleótido descargar
Shuffle-LAGAN Alineamiento glocal de pares de regiones de genoma completas Nucleótido servidor
ACT (Artemis Comparison Tool) Sintenía y genómica comparativa Nucleótido servidor
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Predicción de motivos[editar]

Nombre Descripción Tipo de secuencia* Enlace
MEME/MAST Búsqueda y descubrimiento de motivos Ambos servidor
BLOCKS Identificación de motivos sin huegos en la base de datos BLOCKS Ambos servidor
eMOTIF Extracción e identificación de motivos cortos Ambos servidors
Gibbs motif sampler Extracción estocástica de motivos por probabilidad estadística Ambos servidor (una de varias implementaciones)
TEIRESIAS Extracción de motivos y búsqueda en base de datos Ambos servidor
PRATT Generación de patrones para usar con ScanProsite Proteína servidor
ScanProsite Herramienta de búsqueda de motivos en base de datos Proteína servidor
PHI-Blast Búsqueda de motivos y herramienta de alineamiento Ambos servidor
I-sites Biblioteca de motivos estructurales locales Proteína servidor
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Benchmarking[editar]

Nombre Enlace Autores
BAliBASE descargar Thompson, Plewniak, Poch
HOMSTRAD descargar Stebbings, Mizuguchi
Oxbench descargar Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton
PFAM descargar
PREFAB descargar Edgar
SABmark descargar Van Walle, Lasters, Wyns
SMART descargar Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork

Visualizadores[editar]

Jalview es un visualizador de alineamientos múltiples de secuencias, que se usa para integrar los resultados de una predicción de estructura secundaria vía el servidor web JPred, con un alineamiento múltiple de secuencias dado como entrada o derivado durante la ejecución del algoritmo.

Enlaces externos[editar]

  • Pollard et al. (2004) (Texto completo libre de PubMed Central): los autores discuten LAGAN, CHAOS, y Dialign como las más efectivas herramientas comprobadas para determinados usos.

Véase también[editar]

  • Rucci E (July 2015). «An energy-aware performance analysis of SWIMM: Smith-Waterman implementation on Intel's Multicore and Manycore architectures». Concurrency and Computation: Practice and Experience. doi:10.1002/cpe.3598.