InterPro

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InterPro es una plataforma con acceso a base de datos de familias, dominios y sitios funcionales de proteínas en donde las características identificables encontradas en proteínas conocidas pueden ser aplicadas a nuevas secuencias de proteínas.

Fue creada en 1999 tras la formación del InterPro Consortium entre el grupo de Swiss-Prot en el Instituto Europeo de Bioinformática y el Instituto Suizo de Bioinformática y los miembros fundadores de las bases de datos Pfam, PRINTS, PROSITE y ProDom. Actualmente integra información de las bases de datos PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D y PANTHER.

La base de datos está disponible para búsquedas por texto y basadas en secuencia a través de un servicio web, y para descargas por FTP anónimo. Incluye varios formatos de salida como tablas de texto, documentos XML y gráficos para facilitar el análisis de sus resultados. Al igual que las otras bases de datos del Instituto Europeo de Bioinformática, se encuentra en dominio público.

Referencias[editar]

  • Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D, Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH (2005). «InterPro, progress and status in 2005». Nucleic Acids Res. 33 (Database issue):  pp. D201–5. doi:10.1093/nar/gki106. PMID 15608177. 
  • Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R (2005). «InterProScan: protein domains identifier». Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue):  pp. W116–20. doi:10.1093/nar/gki442. PMID 15980438. 

Enlaces externos[editar]