Folding@home

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Folding@home
F@H Logo 2012.png
Desarrollador
Universidad Stanford / Pande lab
folding.stanford.edu
Información general
Diseñador Vijay Pande
Lanzamiento inicial 01 de octubre de 2000
Última versión estable 7.3.6
18. febrero 2013
Género Computación distribuida
Sistema operativo Microsoft Windows, Mac OS X, Linux
Plataforma Multiplataforma
Licencia Propietario[1]
Idiomas Inglés
En español No No

Folding@home es un proyecto de computación distribuida diseñado para usar los recursos de computadores personales para realizar simulaciones de plegamiento proteico relevantes a enfermedades y otras dinámicas moleculares, y para mejorar los métodos de ello. También referido como FAH o F@h, gran parte de su trabajo trata de determinar cómo las proteínas llegan a su estructura final, que es de gran interés académico y tiene implicaciones importantes para la investigación de enfermedades. En menor medida, Folding@home también intenta predecir esa estructura final a partir solamente de su secuencia de aminoácidos, que tiene aplicaciones en el diseño de fármacos.[2] [3] Folding@home es desarrollado y operado por el Laboratorio Pande en la Universidad Stanford, bajo la dirección de Vijay Pande. La meta del proyecto es "entender el plegamiento proteico, el mal plegamiento, y enfermedades relacionadas".[4] [5] Folding@home es el proyecto más grande de computación distribuida en el mundo reconocido por el Guiness World Of Records. El 8 de marzo de 2004, el proyecto genome@home concluyó y fue fusionado con folding@home.

Relevancia del proyecto[editar]

Las simulaciones precisas de cómo se pliegan las proteínas permiten a la comunidad científica comprender mejor el desarrollo de muchas enfermedades, como el alzheimer, la fibrosis quística, la enfermedad de las vacas locas o el cáncer. Hasta el momento, el proyecto folding@home ha tenido éxito simulando el plegamiento en un rango de 5-10 microsegundos, una escala de tiempo miles de veces más grande de lo que había sido posible anteriormente.

Muchos artículos de investigaciones científicas han sido publicados usando el trabajo del proyecto.[6]

Cómo funciona[editar]

Folding@home no depende de potentes supercomputadoras para procesar los datos; en vez de ello, los principales contribuidores al proyecto son los participantes voluntarios de ordenadores personales que han instalado un pequeño programa cliente. El programa, disponible para Windows, Linux, Mac OS y PS3 se puede ejecutar con una prioridad mínima, por lo que solamente utilizará los recursos no requeridos por ningún otro proceso. En la mayoría de los ordenadores modernos, muy pocas veces se usa la CPU al 100% de capacidad, por lo que folding@home utiliza la capacidad no utilizada.

El programa cliente de folding@home se conecta periódicamente a un servidor para descargar "unidades de trabajo", que son paquetes de datos con los cuales realizar los cálculos. Una vez se termina un paquete, tarea que puede llevar entre unas horas o unos días, se envían los resultados al servidor y se descarga otra unidad de trabajo nueva. Como la integridad de los datos es un asunto de vital importancia en los proyectos de computación distribuida, todas las unidades de trabajo son validadas con una firma digital de 2048 bits.

El cliente folding@home utiliza versiones modificadas de cuatro programas de simulación molecular: Tinker, Gromacs, AMBER, y QMD. Estos programas realizan simulaciones de dinámica molecular y química computacional.

Los participantes en folding@home pueden usar un nombre de usuario para mantener un registro de sus contribuciones. Cada participante puede usar una o más CPU, por ejemplo, una persona con dos ordenadores en su casa, puede ejecutar el programa en ambos. Un grupo de usuarios pueden crear un equipo, de forma que otros participantes puedan unirse a ellos. A los participantes se les asigna una puntuación, en función de la cantidad y complejidad de las unidades de trabajo completadas. Las clasificaciones y estadísticas se pueden ver en el sitio web de folding@home.

Progreso y futuro[editar]

En febrero de 2006, más de 220.000 CPU están participando activamente (se consideran CPU activas aquellas que hayan enviado datos en los últimos 50 días), y hay más de 1 500 000 CPU registradas. Esta cantidad de participantes convierte a folding@home en uno de los más potentes proyectos de computación distribuida en el mundo, capaz de soportar un rendimiento de más de 210 teraFLOPS. Poco después de sobrepasar la cifra de 200 000 CPU activas el 20 de septiembre de 2005, el proyecto folding@home celebró su 5.º aniversario el 1 de octubre de 2005. En el 2006 Sony firma un acuerdo con la universidad de Stanford en el que refleja incorporar el sistema folding@home a la videoconsola PlayStation 3.[7]

Existe todavía cooperación entre folding@home y Google Labs, en la forma de Google Compute. Sin embargo, con la nueva barra Google, esta plataforma no sigue estando soportada, aunque hay antiguas versiones que todavía funcionan.[8]

La investigación actual se centra en mejorar la potencia computacional utilizando la GPU del ordenador, además de la CPU. Se pueden encontrar noticias sobre el porte de folding@Home a GPUs en el FAQ del High performance client de la página de proyecto. Tests recientes hablan de que son posibles ganancias de rendimiento de hasta 40 veces una CPU Intel Pentium 4, aunque claro, todo esto depende de la GPU utilizada.

Folding@home está actualmente desarrollando una versión BOINC con la esperanza de atraer a un rango más amplio de participantes.

Véase también[editar]

Referencias[editar]

  1. Pande lab. «Folding@home Distributed Computing Client». Stanford University. Consultado el 26-08-2010.
  2. Imran "ihaque" Haque (Pande lab member) (11-08-2010). «Re: FAH really doing anything?». Consultado el 23-08-2011.
  3. Bojan Zagrovic, Christopher D. Snow, Michael R. Shirts, and Vijay S. Pande. (2002). «Simulation of Folding of a Small Alpha-helical Protein in Atomistic Detail using Worldwide distributed Computing». Journal of Molecular Biology 323 (5):  pp. 927–937. doi:10.1016/S0022-2836(02)00997-X. PMID 12417204. http://scholar.google.com/scholar?cluster=11158526387120679333&hl=en&as_sdt=0,5. 
  4. Pande lab. «Folding@Home Executive summary». Stanford University. Consultado el 04-10-2011.
  5. Pande lab (2011). «Folding@home - Main». Stanford University. Consultado el 04-10-2011.
  6. Recent Research Papers from Folding@home Publicaciones científicas recientes de Folding@home (En inglés. Revisado el 7-10-2008).
  7. Folding@home PS3 FAQ Guía de ayuda para la instalación de Folding@home en PS3 (En inglés. Revisión del 7-10-2008).
  8. [1] Enlace roto.

Enlaces externos[editar]